Struktur organisasi menunjukkan bagaimana pekerjaan itu dibagi atau dikelompokkan secara formal, berdasarkan tugas dan tanggungjawab masing-masing pegawai. Dengan adanya struktur organisasi ini, akan mempermudah proses koordinasi, baik dalam satu bagian, maupun antar bagian yang berbeda, demi mencapai tujuan organisasi. Susunan organisasi KPPN Tobelo dipimpin oleh seorang Kepala Kantor, selanjutnya terdiri dari 1 (satu) Subbagian, dan 3 (tiga) Seksi, yaitu:

1. Subbagian Umum;
2. Seksi Pencairan Dana dan Manajemen Satker;
3. Seksi Bank;
4. Seksi Verifikasi, Akuntansi dan Kepatuhan Internal