Salah satu sertifikasi berstandar internasional yang telah dimiliki oleh Kantor Pelayanan Perbendaharaan Negara adalah Sistem Manajemen Mutu ISO 9001:2015. Sejalan dengan hal tersebut, seluruh pegawai KPPN Amlapura melaksanakan implementasi SMM ISO 9001:2015 sesuai Pedoman Mutu yang ditetapkan.
Beberapa langkah yang diterapkan di KPPN Amlapura antara lain senantiasa melakukan internalisasi tentang SMM ISO 9001:2015 baik melalui Gugus Kendali Mutu (GKM) maupun arahan dalam morning briefing, melakukan dokumentasi secara tertib, melaksanakan pemeliharaan sarana dan prasarana untuk meningkatkan pelayanan kepada mitra kerja serta melakukan pengujian kepatuhan dan Rapat Tinjauan Manajemen dalam rangka perbaikan secara berkelanjutan.
