Sistem Manajemen Mutu ISO 9001:2015 merupakan integrasi dari keseluruhan sistem manajemen yang meliputi struktur organisasi, rencana kegiatan, tanggung jawab, prosedur, proses dan sumber daya untuk pengembangan, penerapan, pencapaian dan pemeliharaan kebijakan atau arah perusahaan/organisasi yang harus memenuhi persyaratan 10 (sepuluh) klausul ISO 9001:2015.

Milestone dari SMM ISO 9001:2015 pada Direktorat Jenderal Perbendaharaan dimulai dari tahun 2014 hingga 2017 dengan hanya beberapa KPPN yang telah berhasil meraihnya. Mulai tahun 2018, implementasi SMM ISO 9001:2015 telah dilaksanakan oleh KPPN Pati, sebagaimana seluruh KPPN se-Indonesia. Audit Surveillance untuk mempertahankan sertifikat ISO 9001:2015, dilaksanakan pada KPPN yang terpilih sebagai sampel pada tahun 2019 hingga 2020.