KPPN Bojonegoro pada awalnya berdiri pada tahun 1966 dengan nomenklatur sebagai Kantor Pembantu Bendahara Negara Bojonegoro (KPBN) selanjutnya pada Tahun 1975 sesuai reorganisasi Direktorat Jenderal Anggaran berubah menjadi Kantor Perbendaharaan Negara (KPN).
Pada Tahun 1990 KPN Bojonegoro mengalami perubahan nomenklatur menjadi Kantor Perbendaharaan dan Kas Negara (KPKN). Dengan Keputusan Menteri Keuangan RI Nomor 303/KMK.01/2004, KPKN Bojonegoro mengalami perubahan menjadi KPPN Bojonegoro.
KPPN Bojonegoro meskipun bukan sebagai KPPN Percontohan merupakan salah satu dari 178 KPPN yang sejak Juli 2007 telah menerapkan SOP Percontohan yang merupakan implementasi dari reformasi birokrasi Departemen Keuangan khususnya di lingkungan Direktorat Jenderal Perbendaharaan. Hal tersebut dipertegas dengan SE-31/PB/2009 tanggal 7 September 2009 bahwa seluruh KPPN menerapkan SOP KPPN Percontohan.