Pada zaman Belanda,urusan Perbendaharaan negara dilaksanakan oleh :
- Central Kantoor Voor de Comptabiliteit (CKC) dengan wewenang ordonansering;
- Landkassen (Kantor Kas Negara/KKN) dengan wewenang comptabel atau Bendahara Umum; &
- Administratie Kantoor Voor de Landkassen (Kantor Pengawas dan Tata Usaha Kas Negara/ KPTUKN) dengan
fungsi verifikasi dan penatausahaan pengeluaran negara.

Tahun 1945 dibentuk Pejabatan Keuangan di bawah Kementerian Keuangan yang bertugas melaksanakan
urusan anggaran, perbendaharaan, dan kas negara. Tahun 1948 Pejabatan Keuangan diubah
namanya menjadi Thesauri Negara.
Tahun 1945 CKC diubah menjadi Kantor Pusat Perbendaharaan Negara (KPPN). Terdapat 15 KPPN di seluruh
Indonesia pada awal 1960-an. Tahun 1962 dibentuk Departemen Urusan Anggaran Negara di bawah Kompartemen
Keuangan. Departemen Urusan Anggaran Negara digantikan Deputi Bidang Anggaran, yang salah
satu unit eselon II-nya bernama Direktorat Perbendaharaan Negara.
Tahun 1964 KPN, KKN, KPTUKN diintegrasikan menjadi Kantor Bendahara Negara (KBN) berdasarkan
Surat Menteri Urusan Pembiayaan No. PKN/I/64. Deputy Bidang Anggaran diubah namanya menjadi Direktorat
Jenderal Anggaran berdasarkan Keppres No.170 tahun 1966.

Pada bulan April 1975, melalui Keputusan Menteri Keuangan No. KEP-405/MK/6/4/75 tentang Susunan
Organisasi dan Tata Kerja Departemen Keuangan, Kantor Bendahara Negara diubah menjadi Kantor Perbendaharaan
Negara (KPN) dan Kantor Kas Negara (KKN).

Bersamaan dengan itu, terbit Keputusan Menteri Keuangan No. KEP-407/MK/1/4/75 tanggal 17 April 1975 tentang penghapusan pembentukan 11 (sebelas) Kantor Wilayah Direktorat Jenderal Anggaran termasuk Kanwil IX DJA Denpasar. Kemudian pada 19 November 1977, Menteri Keuangan RI, Prof. DR Ali Wardhana, meresmikan Gedung Keuangan Negara Bali. Pada tahun 1989, berdasarkan Surat Keputusan Menteri Keuangan tanggal 12 Juni 1989 Nomor 645/KMK.10/1989 telah diadakan perubahan organisasi dan tata kerja instansi vertikal di lingkungan Direktorat Jenderal Anggaran, yang antara lain menyebabkan peleburan Kantor Perbendaharaan Negara (KPN) dan Kantor Kas Negara (KKN) menjadi Kantor Perbendaharaan dan Kas Negara (KPKN).

Kemudian, berdasarkan KMK Nomor 302/KMK/2004 dan Nomor 303/KMK/2004, secara hukum meleburlah unit-unit pengelola fungsi perbendaharaan menjadi satu Direktorat Jenderal Perbendaharaan, yang terdiri dari 1 Sekretariat Ditjen dan 7 Direktorat teknis pada kantor pusat serta 30 Kantor Wilayah Ditjen PBN dan sejumlah KPPN.
Pada akhirnya KPKN Denpasar berubah menjadi Kantor Pelayanan Perbendaharaan Negara (KPPN) Denpasar berdasarkan Keputusan Menteri Keuangan RI Nomor 214/KMK.01/2005 tanggal 2 Mei 2005 dan diubah dengan Peraturan Menteri Keuangan RI Nomor 134/PMK.01/2006 tanggal 22 Desember 2006 tentang Organisasi dan Tata Kerja Instansi Vertikal Direktorat Jenderal Perbendaharaan.
Tahun 2007, berdasarkan Keputusan Menteri Keuangan Nomor 30/KMK.01/2007 tentang Pencanangan Reformasi Birokrasi Departemen Keuangan, maka sebagai bentuk pelaksanaan Reformasi Birokrasi, Direktorat Jenderal Perbendaharaan membentuk KPPN Percontohan dengan menerbitkan Keputusan Dirjen Perbendaharaan nomor : KEP-172/PB/2007 tanggal 26 Juli 2007. KPPN Denpasar merupakan salah satu prototype KPPN Percontohan yang mulai beroperasi pada tanggal 30 Juli 2007 bersama 17 KPPN Percontohan lainnya.