Visi Kantor Pelayanan Perbendaharaan Negara Fakfak yaitu :
"Menjadi Pengelola Perbendaharaan Negara yang Profesional, Modern, Adaptif, Tepercaya dan Berorientasi pada Pelayanan Prima untuk Mendukung Pertumbuhan Ekonomi yang Berkelanjutan dalam rangka Mencapai Visi Kementerian Keuangan"
Sebagai implementasi Visi tersebut KPPN telah disusun Misi, Tujuan dan Sasaran KPPN Fakfak sebagai berikut:
1. Mendukung pelaksanaan APBN yang efisien, efektif, berkualitas, terarah, transparan, akuntabel, dan berdampak;
2. Mewujudkan pengelolaan kas negara yang modern, kredibel, dan berkelanjutan;
3. Mewujudkan pertanggungjawaban keuangan negara melalui pelaporan keuangan pemerintah yang akuntabel, transparan, dan kredibel;
4. Mewujudkan tata kelola investasi pemerintah dan pemberian pinjaman yang strategis, inklusif, dan berkelanjutan;
5. Mewujudkan tata kelola keuangan BLU yang inovatif, akuntabel, dan berdampak;
6. Mewujudkan tata kelola sumber daya, proses bisnis, serta sistem teknologi informasi perbendaharaan yang digital, adaptif, dan terintegrasi.
DAFTAR INOVASI KPPN FAKFAK