Berdasarkan Peraturan Menteri Keuangan Republik Indonesia nomor: 262/PMK.01/2016 tanggal 30 Desember 2016 tentang Organisasi Dan Tata Kerja Instansi Vertikal Direktorat Jenderal Perbendaharaan pasal 45 disebutkan bahwa KPPN Khusus Investasi adalah instansi vertikal Direktorat Jenderal Perbendaharaan yang berada di bawah dan bertanggung jawab kepada Direktur Sistem Manajemen Investasi. Merujuk pasal 47 dalam melaksanakan tugasnya, KPPN Khusus Investasi menyelenggarakan fungsi:

1. Penatausahaan naskah perjanjian dan DIPA investasi pemerintah, penerusan pinjaman, kredit program, dan investasi lainnya;
2. Penyusunan proyeksi penyaluran investasi pemerintah, penerusan pinjaman, kredit program, dan investasi lainnya;
3. Pengujian dan verifikasi permintaan penyaluran dana dari debitur/bank pelaksana;
4. Penyusunan dan pengujian permintaan pembayaran investasi pemerintah, penerusan pinjaman, kredit program, dan investasi lainnya;
5. Penerbitan SPM investasi pemerintah, penerusan pinjaman,kredit program, dan investasi lainnya;
6. Penerbitan Daftar Penyaluran Investasi;
7. Penerbitan surat permintaan penerbitan Surat Kuasa Pembebanan LC dan WA;

Penatausahaan realisasi penarikan investasi pemerintah, penerusan pinjaman, kredit program, dan investasi lainnya;

8. Perhitungan kewajiban, penatausahaan, dan rekonsiliasi pembayaran debitur kepada pemerintah;
9. Penagihan atas kewajiban pembayaran debitur kepada pemerintah;
10. Penyusunan proyeksi penerimaan investasi pemerintah,penerusan pinjaman, kredit program, dan investasi lainnya;
11. Analisis laporan keuangan dan penyelesaian tunggakan pembayaran kewajiban debitur;
12. Penyusunan laporan keuangan investasi;
13. Penyusunan laporan realisasi dan statistik kinerja investasi pemerintah, penerusan pinjaman, kredit program, dan investasi lainnya;
14. Penatausahaan pengembalian pendapatan/penerimaan negara/penerimaan investasi;
15. Pengelolaan database Debt Management and Financial Analysis System (DMFAS);
16. Penatausahaan user SPAN;
17. Pelaksanaan kehumasan dan keterbukaan informasi publik;
18. Pelaksanaan pengelolaan organisasi, kinerja, SDM,keuangan, tata usaha dan rumah tangga KPPN Khusus Investasi;
19. Penyusunan bahan masukan dan konsep Renstra, Renja, RKT, PK, LAKIP KPPN Khusus Investasi;
20. Penyiapan bahan koordinasi dan pelaksanaan pemantauan pengendalian intern, pengelolaan risiko, dan kepatuhan terhadap kode etik dan disiplin pegawai di lingkungan KPPN Khusus Investasi;
21. Penyiapan bahan koordinasi dan pelaksanaan pemantauan tindak lanjut hasil pengawasan di lingkungan KPPN Khusus Investasi; dan
22. Pelaksanaan administrasi KPPN Khusus Investasi.

Berdasarkan pasal 48 Peraturan Menteri Keuangan Republik Indonesia nomor: 262/PMK.01/2016 tanggal 30 Desember 2016 tentang Organisasi dan Tata Kerja Instansi