Berdasarkan Peraturan Menteri Keuangan Nomor 169/PMK.01/2012 tentang Organisasi dan Tata Kerja Instansi Vertikal Direktorat Jenderal Perbendaharaan, pasal; 27 dikatakan bahwa KPPN Tipe A1 mempunyai tugas melaksanakan kewenangan perbendaharaan dan bendahara umum negara, penyaluran pembiayaan atas beban anggaran, serta penatausahaan penerimaan dan pengeluaran anggaran melalui dan dari kas negara berdasarkan peraturan perundang-undangan.
Dalam rangka melaksanakan tugas pokok tersebut, KPPN menyelenggaran fungsi :
- pengujian terhadap surat perintah pembayaran berdasarkan peraturan perundang-undangan;
- penerbitan Surat Perintah Pencairan Dana (SP2D) dari kas negara atas nama Menteri Keuangan selaku Bendahara Umum Negara;
- penyaluran pembiayaan atas beban APBN;
- penilaian dan pengesahan terhadap penggunaan uang yang telah disalurkan;
- penatausahaan penerimaan dan pengeluaran negara melalui dan dari Kas Negara;
- pengiriman dan penerimaan kiriman uang;
- penyusunan laporan pelaksanaan anggaran pendapatan dan belanja negara;
- penyusunan laporan realisasi pembiayaan yang berasal dari pinjaman dan hibah luar negeri;
- penatausahaan penerimaan Negara bukan pajak;
- penyelenggaraan verifikasi transaksi keuangan dan akuntansi;
- pembuatan tanggapan dan penyelesaian temuan hasil pemeriksaan;
- pelaksanaan kehumasan; dan
- pelaksanaan administrasi KPPN.
Adapun tugas dan fungsi masing-masing seksi dapat dijelaskan sebagai berikut :
- Sub Bagian Umum
Sebagai supporting unit, Subbagian Umum KPPN mempunyai tugas pokok dan fungsi melakukan pengelolaan organisasi, kinerja, SDM, dan keuangan, manajemen risiko, pengendalian internal serta tata usaha, rumah tangga dan kehumasan yang ada di KPPN Kudus diantaranya menyediakan sarana prasarana kantor yang memadai, memenuhi hak-hak pegawai dan tugas-tugas kedinasan yang lain. - Seksi Pencairan Dana
Mempunyai tugas melayani satuan kerja mulai dari proses pendaftaran tagihan sampai dengan pembayaran yang meliputi : pengujian resume tagihan dan SPM, penerbitan SPPT (Surat Persetujuan Pembayaran Tagihan), penerbitan Surat Pengesahan Pendapatan dan Belanja (Badan Layanan Umum) BLU, pengelolaan data kontrak, data suplier, dan belanja pegawai satker, serta monitoring dan evaluasipenyerapananggaran satker. KPPN Kudus menerapkan layanan satu jam dalam penerbitan SP2D non Belanja Pegawai dimana SPM yang direima dapat diterbitkan SP2D nya dalam waktu satu jam sejak diterima di front office dengan catatan SPM yang diterbitkan telah benar dan disertai dengan data dukung/lampiran sesuai peraturan yang ada. Untuk mendukung layanan ini, KPPN Kudus telah dilengkapi dengan layar monitor penyelesaian SPM/SP2D yang akan menampilkan status dokumen yang diajukan, alur penyelesaian SP2D yang jelas, leaflet, brosur mekanisme pembayaran APBN dan kotak pengaduan.
Disamping tugas penerbitan SP2D, tentunya masih terdapat tugas pokok lain terkait kelancaran penyaluran dana APBN seperti Penerbitan Surat Keterangan Penghentian Pembayaran (SKPP) dan Perencanaan Penarikan Dana oleh satker. - Seksi Manajemen Satker dan Kepatuhan Internal
Merupakan seksi baru yang mempunyai tugas dan fungsi melakukan pembinaan dan bimbingan teknis pengelolaan perbendaharaan, fungsi customer service, supervisi teknis SPAN dan helpdesk SAKTI, pemantauan standar kualitas layanan KPPN, penyediaan layanan perbendaharaan, manajemen risiko, kepatuhan dan pengendalian internal serta pemantauan kepatuhan terhadap kode etik dan disiplin - Seksi Bank dan Giro Pos
Mempunyai tugas melakukan penyelesaian transaksi pencairan dana dengan penerbitan SP2D atas tagihan yang telah jatuh tempo sesuai SPPT yang telah diterbitkan oleh seksi Pencairan Dana, melaksanakan fungsi Manajemen Kas, pengelolaan rekening Kuasa BUN dan Bendahara serta penatausahaan pengembalian Pendapatan/Penerimaan Negara. Dalam tugas ini KPPN berkewajiban untuk mencatat seluruh penerimaan dan menyajikan laporannya. Saat ini sebagian penerimaan setoran pajak telah menggunakan system MPN G2 sehingga penatausahaan penerimaan langsung diterima oleh KPPN Khusus Penerimaan di Jakarta. - Seksi Verifikasi dan Akuntansi
Mempunyai tugas untuk melakukan rekonsiliasi laporan akuntansi, penyusunan Laporan Keuangan tingkat Kuasa BUN, realisasi dan analisis kinerja anggaran serta analisis data statistik laporan keuangan regional.