Kantor Pelayanan Perbendaharaan Negara Tipe A1 Langsa dipimpin oleh seorang Kepala Kantor Eselon III.a (Pejabat Administrator) dan terdiri dari:

1. Subbagian Umum;
2. Seksi Pencairan Dana;
3. Seksi Manajemen Satker dan Kepatuhan Internal;
4. Seksi Bank;
5. Seksi Verifikasi dan Akuntansi; dan
6. Fungsional Pembina Teknis Perbendaharaan Negara.