Kantor Pelayanan Perbendaharaan Negara (KPPN) Nunukan adalah instansi vertikal Direktorat Jenderal Anggaran di daerah yang bernama Kantor Perbendaharaan dan Kas Negara (KPKN) Nunukan, dibentuk berdasarkan surat Keputusan Direktur Jenderal Anggaran Nomor: KEP-34/A/2001 tanggal 02 Agustus 2001, dengan wilayah kerja meliputi Kabupaten Nunukan. Kantor Perbendaharaan dan Kas Negara merupakan hasil pemisahan dari KPKN Tarakan yang terlebih dahulu ada.