Kantor Pelayanan Perbendaharaan Negara Pamekasan sebagai salah satu instansi vertikal Kementerian Keuangan memiliki peran penting dalam pelaksanaan APBN, salah satunya adalah menjamin kelancaran serta akuntabilitas pencairan APBN di wilayah Pulau Madura berdasarkan peraturan perundang-undangan yang berlaku. Untuk menjamin hal tersebut, perlu adanya peningkatan kualitas birokrasi sehingga tercipta birokrasi yang bersih, akuntabel, efektif dan efisien, berkinerja tinggi dan mempunyai pelayana publik yang berkualitas sesuai Peraturan Presiden Nomor 81 Tahun 2010 tentang Grand Design Reformasi Birokrasi 2010-2025.

     Pada tahun 2020 ini, KPPN Pamekasan bersama 47 Kantor vertikal di bawah direktorat jenderal perbendaharaan melaksanakan Akselerasi Pembangunan Zona Integritas (ZI) Menuju Wilayah Bebas dari Korupsi (WBK) sebagai bagian dari usaha menciptakan birokrasi yang bebas dari korupsi sehingga meningkatkan kualitas pelayanan publik KPPN Pamekasan.