Dalam melaksanakan tupoksi, KPPN Pontianak telah berhasil meraih beberapa sertifikat penghargaan.

Penghargaan dimaksud antara lain:

1. Memperoleh Sertifikat ISO 9001:2008 pada Tahun 2015
2. Peringkat Pertama Penilaian Penyalur DAK Fisik dan Dana Desa Lingkup Kanwil DJPb Provinsi Kalimantan Barat Tahun 2018
3. Sertifikat Penghargaan Sebagai Instansi Yang Aktif Menyampaikan Informasi Kepada Publik dari TVRI Stasiun Kalimantan Barat Pada Tahun 2018
4. Sertifikat ISO 9001:2015 dari TUV Rheinland Pada Tahun 2018
5. Terbaik ke 2 Keterbukaan Infomarsi Publik  dari Komisi Informasi Provinsi Kalimantan Barat Pada Tahun 2018
6. Sertifikat Wilayah Bebas dari Korupsi (WBK) dari Kemenpan RB pada Tahun 2018
7. Piagam Penghargaan Atas dukungannya dalam menyukseskan Pemilihan Umum dari KPU Provinsi Kalimantan Barat pada Tahun 2019
8. Sertifikat Wilayah Birokrasi Bersih dan Melayani (WBBM) dari Kemenpan RB pada Tahun 2019
9. Peringkat Kedua dalam hal pengelolaan Teknologi Informasi dan Komunikasi (TIK) Lingkup Kanwil Ditjen Perbendaharaan Provinsi Kalimantan Barat dari Kanwil DJPb Provinsi Kalimantan Barat pada Tahun 2019
10. Peringkat Ketiga Penilaian Pelaksanaan Pengelolaan Kinerja Tahun 2019 Lingkup Kanwil Ditjen Perbendaharaan Provinsi Kalimantan Barat dari Kanwil DJPb Provinsi Kalimantan Barat pada Tahun 2019
11. Sertifikat Penghargaan Sebagai Unit Kerja yang Memberikan Layanan Luar Biasa Dalam Masa Darurat COVID-19 dari Bidkeu Polda Kalbar Pada Tahun 2020
12. Sertifikat Penghargaan Sebagai Unit Kerja yang Telah Menunjukan Transparansi Tinggi Dalam Pelayanan Publik dari LPP RRI Pontianak pada Tahun 2020
13. Sertifikat Penghargaan sebagai Kantor Pelayanan Publik yang Sangat Kooperatif Membina Stakeholders dari Pengadilan Militer I-05 di Pontianak pada Tahun 2020
14. Sertifikat Penghargaan atas Kerjasama yang Luar Biasa dalam Membantu Pengembangan Proses Bisnis Layanan Bendahara Umum Daerah Kabupaten Kubu Raya dari BPKAD Kubu Raya pada Tahun 2020
15. Sertifikat Penghargaan Atas Peran Aktif Dalam Mendukung Suksesnya Penyaluran Dana Desa dari Bupati Kabupaten Kubu Raya pada Tahun 2020