Realisasi APBN s.d Bulan Juni Tahun 2020 pada KPPN Rantau Prapat adalah sebesar 34,03%. Jika dilihat perjenis Belanja, realisasi tertinggi adalah Belanja Modal sebesar 62,41%, lalu diikuti oleh Belanja Barang sebesar 51,04%, Belanja Pegawai sebesar 45,85%, sedangkan penyerapan terendah adalah Belanja Transfer sebesar 17,65% yang terdiri dari penyaluran DAK Fisik dan Dana Desa dengan Pagu sebesar Rp. 340.483.533.000,- dan Realisasi Sebesar Rp. 60.085.164.900,-.