Kantor Pelayanan Perbendaharaan Negara (KPPN) Serui sebelumnya bernama Kantor Perbendaharaan dan Kas Negara (KPKN) Serui yang pada saat itu secara struktural berada di bawah Kantor Wilayah XVII Direktorat Jenderal Anggaran Jayapura.

Latar belakang pembentukan KPKN Serui dilakukan sebagai langkah awal untuk mendekatkan pelayanan kepada stakeholder yang semula dilayani oleh KPKN Biak. Hal ini dilakukan sebagai implementasi hasil evaluasi terhadap volume kerja KPKN Biak yang bebannya semakin bertambah dan sejalan dengan pelaksanaan otonomi daerah, sehingga dipandang perlu untuk membentuk KPKN Serui, yang mulai beroperasi penuh sejak 01 April 1992

Sejalan dengan perkembangan organisasi dan pelaksanaan reformasi birokrasi di Kementerian Keuangan yang berimplikasi pada perubahan nomenklatur kantor dari Kantor Perbendaharaan dan Kas Negara (KPKN) menjadi Kantor Pelayanan Perbendaharaan Negara (KPPN), berdasarkan Surat Keputusan Menteri Keuangan RI tanggal 02 Mei 2005 Nomor 218/KMK.01/2005 tentang Organisasi dan Tata Kerja Kantor Wilayah Direktorat Jenderal Perbendaharaan dan Kantor Pelayanan Perbendaharaan Negara.

Sesuai Keputusan Direktur Jenderal Perbendaharaan Nomor KEP-163/PB/2012 tentang Penetapan KPPN Percontohan di lingkungan Direktorat Jenderal Perbendaharaan Tahap VI, maka KPPN Serui telah diresmikan menjadi KPPN Percontohan pada tanggal 1 Oktober 2012.