Kantor Pelayanan Perbendaharaan Negara Tapaktuan pada awalnya dikenal dengan nama Kantor Perbendaharaan Negara (KPN). Sesuai dengan Surat Menteri Keuangan Republik Indonesia Nomor 288/KMK.01/1980 dan Nomor 289/KMK.01/1980 tanggal 14 Mei 1980 diresmikanlah berdirinya Kantor Perbendaharaan Negara (KPN) Tapaktuan yang bertipe D.

Setelah selama kurang lebih 3 tahun Kantor Perbendaharaan Negara Tapaktuan berjalan dengan tipe D, keluar Keputusan Menteri Keuangan Republik Indonesia tanggal 3 Maret 1983 Nomor 205/KMK.01/1983 tentang Penyempurnaan Organisasi dan Tata Kerja Direktorat Jenderal Anggaran, sejak saat itu Kantor Perbendaharaan Negara Tapaktuan berubah dari Tipe D menjadi Tipe F dimana struktur terendah adalah Sub Seksi.

Pada tahun 1989 berdasarkan Keputusan Menteri Keuangan Republik Indonesia tanggal 12 Juni 1989 Nomor 645/KMK.01/1989 yang kemudian diterapkan pada tahun 1990, Kantor Perbendaharaan Negara digabung dengan Kantor Kas Negara, sehingga terjadi perubahan struktur organisasi dan nama menjadi Kantor Perbendaharaan dan Kas Negara (KPKN) Tapaktuan dengan Tipe D.

Berdasarkan Surat Keputusan Menteri Keuangan Republik Indonesia tanggal 20 Maret 1995 Nomor 123/KMK.01/1995 tentang Organisasi dan Tata Kerja Direktorat Jenderal Anggaran yang kemudian diperbaharui dengan Surat Menteri Keuangan Republik Indonesia tanggal 23 Juli 2001 Nomor 442/KMK.01/2001 tentang Organisasi dan Tata Kerja Kanwil Direktorat Jenderal Anggaran, KPKN dengan Tipe D seperti KPKN Tapaktuan pada masa itu memiliki struktur organisasi sebagai berikut :

1. Kepala Kantor;
2. Sub Bagian Umum;
3. Seksi Perbendaharaan I;
4. Seksi Perbendaharaan II;
5. Seksi Bendaharawan Umum.

Sub Bagian Umum, terdiri dari :

1. Urusan Tata Usaha;
2. Urusan Pelaporan Perbendaharaan;
3. Urusan Pelaporan Kas Negara.

Seksi Perbendaharaan I dan II, masing-masing terdiri dari :

1. Sub Seksi Perbendaharaan I-A dan II-A;
2. Sub Seksi Perbendaharaan I-B dan II-B;
3. Serta Kelompok Tenaga Fungsional Pengelolaan Perbendaharaan Negara (pada waktu itu belum terlaksana).

Seiring berjalannya waktu, KPKN Tapaktuan mengalami berbagai perubahan, baik dalam hal struktur organisasi maupun dalam hal identitas atau penamaan instansi. Mulai dari perubahan Tipe KPKN yang semula bertipe D menjadi Tipe B, sampai dengan saat ini Kantor Perbendaharaan dan Kas Negara Tapaktuan berubah menjadi Kantor Pelayanan Perbendaharaan Negara Tapaktuan yang ber-Tipe B, dengan struktur organisasi Sebagai Berikut :

1. Kepala Kantor;
2. Sub Bagian Umum;
3. Seksi Perbendaharaan;
4. Seksi Bendaharawan Umum;
5. Seksi Verifikasi dan Akuntansi.

Saat ini KPPN Tapaktuan kembali berubah nomenklatur menjadi Kantor Pelayanan Perbendaharaan Negara Tipe A2 Tapaktuan dengan struktur sebagai berikut:

1. Kepala Kantor;
2. Sub Bagian Umum;
3. Seksi Pencairan Dana dan Manajemen Satker;
4. Seksi Bank;
5. Seksi Verifikasi, Akuntansi, dan Kepatuhan Internal.