KPPN Wamena telah berhasil menorehkan beberapa penghargaan baik di tingkat nasional maupun regional, di antaranya adalah:
Tahun 2020
- Peringkat III Akselerasi Peningkatan Kapasitas Pejabat Perbendaharaan
- Terbaik III Kinerja Penyaluran DAK Fisik dan Dana Desa
- Peringkat II Nilai Kualitas Laporan Keuangan UAKPA & UAKPB
Tahun 2021
- Peringkat III Peringkat IKPA Tk Kanwil
- Peringkat III Penilaian Pembinaan dan Supervisi Tk Kanwil
- Peringkat III Inovasi Pelayanan Terbaik Tk Kanwil - Juara I & III Tenis Meja HUT KORPRI Kab. Jayawijaya
Tahun 2022
- Juara II E-Sport Magic Chess DJPb
- Panitia Pendukung Kegiatan Duta Transformasi Kelembagaan DJPb
- Koordinator Daerah Kemenkeu Mengajar Wilayah Papua Pegunungan
Tahun 2023
- Peringkat I Penilaian IKPA KPPN Sebagai BUN atas Capaian Output Terkonfirmasi
- Terbaik III Nilai Evaluasi Pelaksanaan Tugas Kepatuhan Internal Lingkup Kanwil DJPb Papua
- Koordinator Daerah Kemenkeu Mengajar Wilayah Papua Pegunungan
- Unit Kerja Berpredikat Menuju WILAYAH BEBAS KORUPSI (WBK)
