SEJARAH SINGKAT
Direktorat Jenderal Perbendaharaan dibentuk berdasarkan Keputusan Presiden Nomor 35, 36, dan 37 Tahun 2004 dan Keputusan Menteri Keuangan Nomor 302/KMK/2004, yang secara hukum meleburkan unit-unit pengelola fungsi perbendaharaan menjadi satu unit. Berdasarkan Peraturan Menteri Keuangan Nomor 217/PMK.01/2018 tentang Organisasi dan Tata Kerja Kementerian Keuangan, Ditjen Perbendaharaan mempunyai tugas menyelenggarakan perumusan dan pelaksanaan kebijakan di bidang pelaksanaan anggaran, pengelolaan kas dan investasi, pembinaan pengelolaan keuangan Badan Layanan Umum (BLU), dan akuntansi dan pelaporan keuangan pemerintah sesuai dengan ketentuan peraturan perundang-undangan. Dalam rangka pelaksanaan tugas tersebut, Ditjen Perbendaharaan membentuk unit kerja vertikal di daerah yaitu Kantor Pelayanan Perbendaharaan Negara (KPPN). KPPN yang memberikan pelayanan terhadap satuan kerja pengelola APBN di wilayah Pegunungan Tengah Papua adalah KPPN Wamena.
KPPN Wamena pada awalnya dinamakan dengan dengan nomenklatur Kantor Perbendaharaan Negara (KPN) Wamena. KPN Wamena telah berdiri sejak tahun 1985 dan beralamat di Jalan Yos Sudarso No 26 Wamena sampai dengan saat ini.
Sesuai dengan Keputusan Menteri Keuangan RI Nomor 645/KMK.01/1989 tanggal 12 Juni 1989 tentang Organisasi dan Tata Kerja Instansi Vertikal Direktorat Jenderal Anggaran, Kantor Perbendaharaan Negara dan Kas Negara diintegrasikan/digabung menjadi Kantor Perbendaharaan dan Kas Negara (KPKN). Penggabungan ini dimaksudkan untuk meningkatkan efisiensi dan pelayanan pekerjaan yang dahulunya diproses oleh 2 kantor kini dapat diselesaikan secara tuntas dengan sistem administrasi manunggal satu atap (SAMSAT) yaitu KPKN Wamena. KPKN Wamena pada saat itu ditetapkan sebagai KPKN tipe E yang meliputi wilayah pembayaran Kabupaten Dati II Jayawijaya.
Selanjutnya berdasarkan Keputusan Menteri Keuangan RI Nomor 303/KMK.01/2004, terhitung mulai tanggal 01 Oktober 2004 KPKN Wamena berubah nama menjadi Kantor Pelayanan Perbendaharaan Negara (KPPN) Wamena tipe B. Meski bukan merupakan KPPN Percontohan, namun KPPN Wamena telah melaksanakan SOP Percontohan sejak Oktober 2008, dan mulai tahun 2010 SOP Percontohan dilaksanakan secara penuh, karena dukungan IT, SOP, sarana/prasarana serta SDM dianggap memadai untuk menjalankan operasional kantor sebagai KPPN dengan layanan “Prima” sebagai KPPN Percontohan.