KPPN Wamena selaku Bendahara Umum Negara di Daerah, merupakan Satuan Kerja vertical Direktorat Jenderal Perbendaharaan pada Kementerian Keuangan, yang masuk dalam wilayah pembinaan Kantor Wilayah Ditjen Perbendaharaan Provinsi Papua. KPPN Wamena melayani 8 Kabupaten yang beralamat di Jln. Yos Sudarso No. 26 Wamena 99551, Distrik Wamena, Kabupaten Jayawijaya, Provinsi Papua Pegunungan. KPPN Wamena di kepalai oleh 1 Kepala Kantor, 3 Kepala Seksi, 1 Subbagian, 4 Pejabat Teknis Perbendaharaan Negara dan 5 pelaksana. Berikut adalah gambar struktur organisasi KPPN Wamena.