Berdasarkan Peraturan Menteri Keuangan Nomor 169/PMK.01/2012 tanggal 6 November 2012 tentang Organisasi dan Tata Kerja Instansi Vertikal Direktorat Jenderal Perbendaharaan, KPPN Pematangsiantar mempunyai tugas melaksanakan kewenangan perbendaharaan dan bendahara umum negara, penyaluran pembiayaan atas beban anggaran, serta penatausahaan penerimaan dan pengeluaran anggaran melalui dan dari kas negara beradasarkan peraturan perundang-undangan. Kantor Pelayanan Perbendaharaan Negara Pematangsiantar menyelenggarakan fungsi-fungsi sebagai berikut :
- Pengujian terhadap dokumen Surat Perintah Membayar (SPM) berdasarkan peraturan yang berlaku.
- Penerbitan Surat Perintah Pencairan Dana (SP2D) atas nama Menteri Keuangan selaku Bendahara Umum Negara.
- Penyaluran Pembiayaan atas APBN.
- Penilaian dan Pengesahan terhadap penggunaan uang yang telah disalurkan.
- Penatausahaan penerimaan dan pengeluaran negara melalui dan dari Kas Negara.
- Pengiriman dan penerimaan kiriman uang.
- Penyusunan laporan pelaksanaan APBN.
- Penyusunan laporan realisasi pembiayaan yang berasal dari Pinjaman Dan Hibah Luar Negeri (PHLN).
- Penyelenggaraan verifikasi transaksi keuangan dan akuntansi.
- Pembuatan tanggapan dan penyelesaian temuan hasil pemeriksaan.
- Pelaksanaan kehumasan.
- Pelaksanaan administrasi KPPN.
Tugas pokok dan fungsi tersebut terdistribusi dan diselenggarakan oleh masing-masing seksi dan subbagian umum, sebagai berikut:
- Subbagian Umum, mempunyai tugas melakukan pengelolaan organisasi, kinerja, SDM, dan Keuangan, Penatausahaan user SPAN, penyusunan bahan masukan dan konsep Renstra, Renja, RKT, LAKIP KPPN, Penerbitan dan pengiriman SPM DBH PBB serta tata usaha, rumah tangga dan kehumasan.
- Seksi Pencairan Dana dan Manajemen Satker, mempunyai tugas melakukan pengujian resume tagihan dan SPM, penerbitan SP2D, penerbitan Surat Pengesahan Pendapatan dan Belanja BLU, penerbitan Surat Pengesahan atas Ralat SPM dari satuan kerja dan Nota Dinas Kesalahan dan Perbaikan SP2D hasil Verifikasi pada KPPN, dan pengelolaan data kontrak, data supplier, belanja pegawai satker, serta melakukan pembinaan dan bimbingan teknis pengelolaan pebendaharaan, fungsi customer service, supervisi teknis SPAN dan helpdesk SAKTI, pemantauan standar kualitas layanan KPPN, dan penyediaan layanan perbendaharaan.
- Seksi Bank, mempunyai tugas melakukan penyelesaian transaksi pencairan dana, fungsi cash management, penerbitan Daftar Tagihan, pengelolaan reening Kuasa BUN dan Bendahara serta penatausahaan penerimaan negara.
- Seksi Verifikasi dan Akuntansi, mempunyai tugas melakukan verifikasi pembayaran, rekonsiliasi laporan akuntansi, penyusunan Laporan Keuangan tingkat Kuasa BUN, realisasi dan analisis kinerja anggaran, analisis data statistik laporan keuangan.
- Seksi Manajemen Satker dan Kepatuhan Internal, mempunyai tugas untuk melakukan pemantauan pengendalian intern, pengelolaan risiko, kepatuhan terhadap kode etik dan disiplin pegawai, dan tindak lanjut hasil pengawasan.
Dalam melaksanakan tugas dan fungsi, KPPN Pematangsiantar berpedoman pada Standar Operating Procedures (SOP) yang berlaku, yakni Keputusan Dirjen Perbendaharaan Nomor KEP-151/PB/2013 tentang Standar Operasi Prosedur Pelaksanaan Piloting Sistem Perbendaharaan dan Anggaran Negara, serta Keputusan Dirjen Perbendaharaan Nomor KEP-133/PB/2014 tentang Standar Operasional Prosedur pada Kantor Pelayanan Perbendaharaan Negara Tipe A1 dan Kantor Pelayanan Perbendaharaan Negara Tipe A2 yang kemudian dicabut dan diganti dengan Keputusan Direktur Jenderal Perbendaharaan Nomor KEP-287/PB/2015 tanggal 9 Oktober 2015 tentang Standar Operasional Prosedur pada Kantor Pelayanan Perbendaharaan Negara. Selain sebagai pedoman bagi pejabat/pegawai KPPN dalam melaksanakan tugas dan fungsi, SOP juga berfungsi bagi pemangku kepentingan agar mengetahui dan memahami prosedur kerja setiap kegiatan yang dilakukan KPPN.