Sesuai PMK-262/PMK.01/2016, Kantor Wilayah Direktorat Jenderal Perbendaharaan terdiri atas:
- Bagian Umum
- Bidang Pembinaan Pelaksanaan Anggaran I
- Bidang Pembinaan Pelaksanaan Anggaran II
- Bidang Pembinaan Akuntansi dan Pelaporan Keuangan
- Bidang Supervisi Kantor Pelayanan Perbendaharaan Negara (KPPN) dan Kepatuhan Internal
- Kelompok Jabatan Fungsional