Rekonsiliasi atas sisa Dana Desa merupakan tahapan yang diamanatkan dalam PMK No.205/PMK.07/2019 tentang Pengelolaan Dana Desa dan perubahannya (PMK No. 50/PMK.07/2020). Pelaksanaan rekonsiliasi terhadap sisa Dana Desa meliputi rekonsiliasi antara Desa dengan Pemda atas data kumulatif sisa Dana Desa TA 2015 s.d 2018 dan rekonsiliasi antara Pemda dengan KPPN atas sisa Dana Desa TA 2015 s.d. 2019. Ditjen Perbendaharaan dan DJPK telah menyusun petunjuk teknis pelaksanaan rekonsiliasi sisa Dana Desa dan mengembangkan Aplikasi OMSPAN untuk mendukung rekonsiliasi tersebut secara berjenjang.
Sejalan dengan ketentuan dan juknis tersebut, KPPN Amlapura pada Jumat, 24 Juli 2020 menyosialisasikan Petunjuk Teknis Rekonsiliasi Sisa Dana Desa kepada Pemda (BPKAD dan DPMD) pada Kab. Klungkung, Kab. Karangasem dan Kab. Bangli secara daring. Tujuan dari kegiatan ini adalah untuk meningkatkan pemahaman dan komitmen Pemda agar melaksanakan dan menyelesaikan rekonsiliasi secara tepat waktu.