KPPN Banjarmasin berdiri pada tahun 1974 dengan nama Kantor Bendahara Negara (KBN). Pada tahun 1975 organisasi di lingkungan Direktorat Jenderal Anggaran (DJA) mengalami reorganisasi, sehingga Kantor Bendahara Negara (KBN) Banjarmasin berubah menjadi dua unit kerja yaitu Kantor Kas Negara (KKN) dan Kantor Perbendaharaan Negara (KPN) masing-masing institusi tersebut berada dibawah Pembinaan Kanwil Direktorat Jenderal Anggaran Banjarmasin.
Seiring dengan perkembangan dan penyederhanaan organisasi pada Direktorat Jenderal Anggaran maka berdasarkan Surat Keputusan Menteri Keuangan RI No.645/KMK.01/1989 tanggal 12 Juni 1989 dan Surat Edaran Direktur Jenderal Anggaran No.1077/A/1989 tanggal 14 September 1989 tentang Organisasi dan Tata Kerja Instansi Vertikal DJA, pada tahun 1990 Kantor Perbendaharaan Negara Banjarmasin dan Kantor Kas Negara Banjarmasin digabung menjadi satu institusi dengan nama Kantor Perbendaharaan dan Kas Negara (KPKN) Banjarmasin yang merupakan instansi vertikal Direktorat Jenderal Anggaran Departemen Keuangan Republik Indonesia. KPKN ini melaksanakan fungsi ordonateur dan comptabel dalam satu atap.
Berdasarkan surat Keputusan Menteri Keuangan RI Nomor 32/KMK.01/2004, terhitung mulai tanggal 01 Oktober 2004 Kantor Perbendaharaan dan Kas Negara (KPKN) Banjarmasin mengalami perubahan menjadi Kantor Pelayanan Perbendaharaan Negara (KPPN) Banjarmasin.
Terhitung mulai tanggal 30 Juli 2007 KPPN Banjarmasin ditunjuk sebagai salah satu dari 18 KPPN Percontohan Tahap I di Indonesia berdasarkan Keputusan Direktur Jenderal Perbendaharaan Nomor : KEP-172/PB/2007 tanggal 26 Juli 2007 yang diresmikan oleh Menteri Keuangan pada tanggal 4 September 2007.
Kepala KPPN Banjarmasin sejak periode 1992 sampai dengan sekarang adalah sebagai berikut:
- Sudiarto (1992 – 1994)
- Oesman Jumanti (1994 – 1996)
- Boegimin S. Hadi , S.H (1996 – 1998)
- Z a i n u n (1998 – 2001)
- Subianto (2001 – 2003)
- Mochtar Santosa (2003 – 2005)
- Drs. Gardjito, SE, MM (2005 - 2007)
- Drs. Roswan (2007 – 2009)
- Drs. Supriyo, S.IP (2009 – 2010)
- Sidiq Juniarso, SE, M.Si (2010 – 2012)
- Aris Saputro, S.E.,M.M. (2012 – 2014)
- Hartana (2014 – 2018)
- Saritano (2018 – 2021)
- Tri Ananto Putro (2021 - Sekarang)
