Dalam rangka pencegahan penyebaran Covid-19 dan keamanan dan kenyamanan pegawai KPPN Batam, KPPN Batam melaksanakan beberapa langkah pencegahan.
Dia antaranya menetapkan Surat Tugas Work From Home untuk mengurangi jumlah pegawai yang masuk kantor. Selain itu KPPN Batam mengadakan masker dan sarung tangan bagi pegawai.
KPPN Batam pun mulai mengurangi layanan tatap muka dan menambah layanan secara online. Untuk mendukung layanan online dan mengurangi tatap muka, maka disediakan tempat mengirim surat, SPM maupun dokumen lainnya di depan pintu depan KPPN Batam.
Untuk menambah sanitasi, disediakan pula hand sanitizer di tempat-tempat strategis misalnya di mesin absen dan tempat meletakkan dokumen.