Kantor Pelayanan Perbendaharaan (KPPN) Batam berdiri pada tahun 1992 dengan nama Kantor Perbendaharaan dan Kas Negara (KPKN) Batam. KPKN Batam beroperasi dengan menyewa ruko di Jalan Imam Bonjol, Nagoya. Baru pada tahun 1993 menempati gedung sendiri di Jalan Raja Haji, Sekupang. Gedung KPKN Batam ini diresmikan oleh Direktur Jenderal Anggaran saat itu Benjamin Parwoto pada tangal 15 Februari 1993 dengan didampingi Kepala KPKN Batam yang pertama, Wiek Kusbiantoro Rachman. Gedung ini memiliki luas 960 m2 di atas sebidang tanah seluas 2125 m2.
Wilayah Kerja KPPN Batam meliputi Kota Batam dan Kabupaten Karimun. Setiap tahun KPPN Batam tercatat rata-rata bermitra dengan 130 satuan kerja dengan wilayah kerja Kota Batam meliputi Pulau Batam, Pulau Setokok, Pulau Sambu, dan Pulau Belakang Padang sedangkan Kabupaten Karimun meliputi Pulau Karimun, Pulau Kundur, Pulau Tanjung Batu, dan Pulau Moro.