Berdasarkan Peraturan Menteri Keuangan RI Nomor 169/PMK.01/2012 tanggal 6 November 2012, KPPN Batam ditingkatkan dari KPPN Tipe A2 menjadi KPPN Tipe A1. Tugas dan Fungsi KPPN menurut Peraturan Menteri Keuangan Nomor 262/PMK.01/2016 tentang Organisasi dan tata kerja Instansi Vertikal Direktorat Jenderal Perbendaharaan adalah :

“Melaksanakan kewenangan perbendaharaan dan Bendahara Umum Negara (BUN), penyaluran pembiayaan atas beban anggaran, serta penatausahaan penerimaan negara dan pengeluaran anggaran melalui  dan dari kas negara berdasarkan peraturan perundang-undangan”

Disamping menjalankan tugas sebagaimana diamanatkan dalam Peraturan Menteri Keuangan Nomor 262/PMK.01/2016, KPPN Batam juga menyelenggarakan fungsi:

1. Pengujian terhadap surat perintah pembayaran berdasarkan peraturan perundang-undangan;
2. Penerbitan Surat Perintah Pencairan Dana (SP2D) dari kas negara atas nama Menteri Keuangan selaku Bendahara Umum Negara;
3. Penyaluran pembiayaan atas beban Anggaran Pendapatan dan Belanja Negara (APBN);
4. Penatausahaan penerimaan dan pengeluaran negara melalui dan dari Kas Negara;
5. Penyusunan laporan pelaksanaan anggaran pendapatan dan belanja negara;
6. Pelaksanaan verifikasi transaksi keuangan dan akuntansi serta pertanggungjawaban bendahara;
7. Pembinaan dan pelaksanaan monitoring dan evaluasi Penerimaan Negara Bukan Pajak (PNBP);
8. Pelaksanaan tugas kepatuhan internal;
9. Pelaksanaan manajemen mutu layanan
10. Pelaksanaan manajemen hubungan pengguna layanan (customer relationship management);
11. Pelaksanaan tugas dan penyusunan laporan Pembinaan Pengelola Perbendaharaan (treasury manajement representative);
12. Pelaksanaan dukungan penyelenggaraan sertifikasi bendahara;
13. Pengelolaan rencana pencairan dana;
14. Pengelolaan rekening pemerintah;
15. Pelaksanaan fasilitasi Kerjasama Ekonomi dan Keuangan Daerah;
16. Pelaksanaan layanan bantuan (helpdesk) penerimaan negara;
17. Pelaksanaan system akuntansi dan kinerja;
18. Pelaksanaan monitoring dan evaluasi Kredit Program;
19. Pelaksanaan Kehumasan dan Layanan Keterbukaan Informasi Publik (KIP); dan
20. Pelaksanaan administrasi Kantor Pelayanan Perbendaharaan Negara (KPPN).