Daftar Prestasi/Penghargaan yang diperoleh KPPN Biak antara lain:

Tahun 2016

1. Penghargaan dari Kanwil DJPb Provinsi Papua sebagai Peringkat KEdua atas Penilaian Pelaksanaan Pengelolaan Kinerja Tingkat KPPN TA. 2016.
2. Penghargaan dari Kanwil DJPb Provinsi Papua atas Peringkat Ketiga pada Penilaian Laporan Pembinaan dan Supervisi KPPN TA. 2016.

Tahun 2017

1. Penghargaan dari Kanwil DJPb Provinsi Papua sebagai KPPN Terbaik Pertama dalam Mendorong Kinerja Pelaksanaan Anggaran TA. 2017 di Wilayah Kerjanya.
2. Penghargaan dari Kanwil DJPb Provinsi Papua sebagai KPPN Terbaik dalam Pembinaan Bagian Umum di Wilayah kerjanya.
3. Penghargaan dari Kanwil DJPb Provinsi Papua untuk Penyampaian Laporan Pemantauan Pengendalian Intern Tingkat KPPN Tahun 2017 Terbaik.
4. Penghargaan dari Kanwil DJPb Provinsi Papua atas Peran Serta dan Kontribusi yang Maksimal dalam Capaian Peringkat Pertama Penyusunan Laporan Keuangan Tingkat Wilayah UAPPAW/UAPPBW DJPb Tahun 2017.
5. Penghargaan dari Kanwil DJPb Provinsi Papua atas Pencapaian Nilai Rata-Rata Pembinaan dan Supervisi Proses Bisnis Tertinggi Tahun 2017 Lingkup Kanwil DJPb Provinsi Papua.
6. Penghargaan dari Kanwil DJKN Provinsi Papua, Papua Barat, dan Maluku atas Kinerja KPPN Biak sangat baik dalam penatausahaan dan pengelolaan Kekayaan Negara tahun 2017 kategori Penyaji Data Pemanfaatan BMN.

Tahun 2018

1. Sertifikat Penghargaan dari Kanwil DJPb Provinsi Papua atas Pelaksanaan Sistem Manajemen Mutu ISO 9001-2008 tanggal 26 Januari 2018.
2. Sertifikat SNI ISO 9001:2015 dari PT TUV Rheinland Indonesia tanggal 12 Oktober 2018, karena terbutki bahwa persyaratan sesuai dengan SNI ISO 9001:2015 telah dipenuhi.
3. Penghargaan dari Kanwil DJPb Provinsi Papua sebagai KPPN selaku Kuasa BUN yang memiliki IKPA TA. 2018 Terbaik Pertama Lingkup Kanwil DJPb Provinsi Papua.
4. Penghargaan dari Kanwil DJPb Provinsi Papua sebagai Peringkat Kedua Kategori Penilaian Kinerja KPPN Berdasarkan Supervisi Proses Bisnis Tahun 2018.
5. Penghargaan dari Kanwil DJKN Provinsi Papua, Papua Barat, dan Maluku atas Kinerja KPPN Biak sangat baik dalam penatausahaan dan pengelolaan Kekayaan Negara tahun 2017 kategori Penyaji Data Pemanfaatan BMN.

Tahun 2019

1. Penghargaan dari Kanwil DJPb Provinsi Papua sebagai Peringkat Pertama Kategori Penilaian Pelaksanaan Tugas Kepatuhan Internal KPPN Lingkup Kanwil DJPb Provinsi Papua Tahun 2019.
2. Penghargaan dari Kanwil DJPb Provinsi Papua sebagai Peringkat Ketiga Kategori KPPN selaku Bendahara Umum Negara Lingkup Kanwil DJPb Provinsi Papua
3. Penghargaan dari Kanwil DJPb Provinsi Papua sebagai Satker Terbaik Ketiga dalam Kinerja Pelaksanaan Anggaran Lingkup Kanwil DJPb Provinsi Papua TA. 2019.
4. Penghargaan dari Kanwil DJPb Provinsi Papua sebagai Peringkat Pertama Kategori Penilaian Kinerja KPPN Berdasarkan Supervisi Proses Bisnis Semester I Tahun 2019.
5. Penghargaan dari Kanwil DJPb Provinsi Papua sebagai Peringkat Ketiga Kategori Penilaian Kinerja KPPN Berdasarkan Supervisi Proses Bisnis Semester II Tahun 2019.
6. Penghargaan dari Menteri Keuangan RI kepada KPPN Biak sebagai Unit Kerja Memenuhi Kriteria Wilayah Bebas dari Korupsi (WBK) di Lingkungan Kementerian Keuangan Tahun 2019.

Tahun 2020

1. Penghargaan dari Kanwil DJPb Provinsi Papua sebagai Peringkat Kedua dalam Penilaian Kinerja KPPN Berdasarkan Inovasi Layanan Semester I Tahun 2020.
2. Penghargaan dari Kanwil DJPb Provinsi Papua sebagai Peringkat Ketiga dalam Penilaian Kinerja KPPN Berdasarkan Supervisi Proses Bisnis Semester I Tahun 2020
3. Penghargaan dari KPPN Biak atas Pencapaian Kinerja Pelaksanaan Anggaran dan Pelaporan Keuangan Peringkat Kedua Semester I Tahun 2020 lingkup Wilayah Kerja KPPN Biak.