Keberadaan suatu kantor yang melaksanakan fungsi pembayaran tagihan kepada negara, sebenarnya sudah lama dikenal masyarakat dengan nama yang berbeda-beda yaitu Kantor Bendahara Negara ( KBN ), Kantor Perbendaharaan Negara (KPN), Kantor Kas Negara (KKN), yang kemudian diintegrasikan menjadi Kantor Perbendaharaan dan Kas Negara (KPKN) pada tahun 1990 serta terakhir menjadi Kantor Pelayanan Perbendaharaan Negara (KPPN) semenjak tahun 2005.
Sejalan dengan gelombang reformasi pada tahun 1997 dan penyederhanaan organisasi Kantor Perbendaharan dan Kas Negara (KPKN) Cilacap pernah ditutup berdasarkan Keputusan Menteri Keuangan tanggal 2 Januari 1997 Nomor 1/KMK.01/1997 juncto SE Dirjen Anggaran tanggal 22 Juli 1997 Nomor SE-90/A/61/1997.
Berdasarkan Keputusan Menteri Keuangan tanggal 23 Juli 2001 Nomor 442/KMK.01/2001 tentang Organisasi dan Tata Kerja Kantor Wilayah Direktorat Jenderal Anggaran, serta dengan semangat perubahan untuk mendekatkan pelayanan kepada stakeholder maka pada akhir tahun anggaran 2001 (bulan Nopember) KPKN Cilacap dibuka kembali.
Pada 1 Desember 2001 KPKN Cilacap menempati gedung pinjaman dari Pemda Cilacap di Jalan Sumbing No. 4A Cilacap, meski dengan sarana dan prasarana yang kurang memadai KPKN Cilacap memulai operasional khusus untuk penatausahaan penerimaan Negara, sedangkan untuk penyaluran pengeluaran APBN baru dilaksanakan mulai tahun anggaran 2002.
Pada bulan Desember 2003 KPKN Cilacap pindah ke Gedung baru di Jalan Dr. Wahidin Nomor 55 Cilacap yang diresmikan pada tanggal 28 Mei 2004 oleh Sekretaris Direktorat Jenderal Anggaran (a.n. Direktur Jenderal Anggaran) Drs. Dharma Bhakti, M.A dan Bupati Cilacap H. Probo Yuliastoro S.Sos. M.M.
Berdasarkan Peraturan Presiden Nomor 95 Tahun 2006 tentang Kedudukan, Tugas, Fungsi, Susunan Organisasi dan Tata Kerja Instansi Vertikal di Lingkungan Departemen Keuangan juncto Peraturan Menteri Keuangan Nomor 134/PMK.01/2008 sebagaimana telah diubah dengan Peraturan Menteri Keuangan Nomor 169/PMK.01/2012 tentang Organisasi dan Tata Kerja Kantor Wilayah Direktorat Jenderal Perbendaharaan dan Kantor Pelayanan Perbendaharaan Negara, KPKN Cilacap diubah menjadi Kantor Pelayanan Perbendaharaan Negara (KPPN) Cilacap.
Kemudian berdasarkan Keputusan Direktur Jenderal Perbendaharaan tanggal 25 Juli Nomor KEP-170/PB/2007 tentang Standar Operating Prosedure (SOP) KPPN Percontohan, KPPN Cilacap beserta seluruh sumber daya yang dimiliki menerapkan tugas dan fungsinya sebagai KPPN Percontohan.
Selanjutnya dengan surat Kepala Kantor Wilayah Ditjen Perbendaharaan Provinsi Jawa Tengah tanggal 16 Nopember 2009 Nomor S-3151/WPB.14/BD.05.03/2009 tentang Launching SOP KPPN Percontohan dilaksanakan pada tanggal 18 Nopember 2009 yang bertempat di halaman kantor KPPN Cilacap Jalan Dr. Wahidin Nomor 55 Cilacap.
Pada Bulan April 2014 KPPN Cilacap pindah ke gedung baru yang terletak di Jalan Perintis Kemerdekaan No. 28 Cilacap, dan pada tanggal 15 April 2016 gedung baru KPPN Cilacap diresmikan oleh Direktur jenderal Perbendaharaaan.
Berdasarkan Peraturan Menteri Keuangan Nomor 262/PMK.01/2016 tentang Organisasi dan Tata Kerja Instansi Vertikal Direktorat Jenderal Perbendaharaan, KPPN Cilacap merupakan instansi vertikal Direktoral Jenderal Perbendaharaan di daerah yang bertanggung jawab langsung kepada Kepala Kantor wilayah Provinsi Jawa Tengah dan KPPN Cilacap termasuk dalam kategori KPPN Type A2.
