Berdasarkan Peraturan Menteri Keuangan No. 262/PMK.01/2016 tentang Organisasi dan Tata Kerja Instansi Vertikal Direktorat Jenderal Perbendaharan, Kantor Pelayanan Perbendaharaan Negara (KPPN) merupakan Instansi Vertikal Direktorat Jenderal Kantor Pelayanan Perbendaharaan Negara (KPPN) Perbendaharan yang berada di bawah dan bertanggung jawab kepada Kepala Kantor Wilayah.

KPPN Cilacap  yang merupakan KPPN Tipe A2 mempunyai tugas:
1. Melaksanakan kewenangan perbendaharaan dan Bendahara Umum Negara (BUN)
2. Penyaluran pembiayaan atas beban anggaran;
3. penatausahaan penerimaan dan pengeluaran anggaran melalui dan dari kas negara berdasarkan peraturan perundang-undangan.

Sedangkan fungsi KPPN Cilacap yaitu :
1.  Pengujian terhadap surat perintah pembayaran;
2.  Penerbitan Surat Perintah Pencairan Dana (SP2D) dari kas negara atas nama Menteri Keuangan selaku Bendahara Umum Negara (BUN);
3.  Penyaluran pembiayaan atas beban APBN;
4.  Penatausahaan penerimaan dan pengeluaran negara melalui dan dari Kas Negara;
5.  Penyusunan laporan pelaksanaan pendapatan dan belanja negara;
5.  Pelaksanaan verifikasi transaksi keuangan dan akuntansi serta pertanggungjawaban bendahara;
6.  Pembinaan dan pelaksanaan monitoring dan evaluasi PNBP;
7.  Pelaksanaan tugas kepatuhan internal;
8.  Pelaksanaan manajemen mutu layanan;
9.  Pelaksanaan manajemen hubungan pengguna layanan (customer relationship management);
10. Pelaksanaan tugas dan penyusunan laporan Pembina Pengelola Perbendaharaan;
11. Pelaksanaan dukungan penyelenggaraan sertifikasi bendahara;
12. Pengelolaan rencana penarikan dana;
13. Pengelolaan rekening pemerintah;
14. Pelaksanaan fasilitasi Kerjasama Ekonomi dan Keuangan Daerah;
15. Pelaksanaan layanan bantuan penerimaan negara;
16. Pelaksanaan sistem akuntabilitas dan kinerja;
17. Pelaksanaan monitoring dan evaluasi Kredit Program;
18. Pelaksanaan Kehumasan dan Layanan Keterbukaan Informasi Publik (KIP);
19. Pelaksanaan administrasi KPPN.