KPPN marisa mulai beroperasi di Marisa Kabupaten Pohuwato pada tanggal 10 Juli 2006. Pada awal beroperasi pegawai KPPN Marisa yang berjumlah 10 orang diisi dari Kanwil Direkorat Jenderal Perbendahaharaan Provinsi Gorontalo dan KPPN Gorontalo. Selama dua tahun pertama KPPN Marisa berkantor di salah satu ruko di Jalan Trans Sulawesi di Marisa, sebelum akhirnya menempati bangunan sendiri di Jalan Pelabuhan Marisa pada tanggal 5 Juni 2008. Tujuh bulan berikutnya, tepatnya tanggal 23 Januari 2009, gedung baru KPPN Marisa diresmikan oleh Direktur Jenderal Perbendaharaan Drs. Herry Purnomo, M.Soc., Sc.
KPPN Marisa melayani sakter instansi vertikal yang ada di wilayah Kabupaten Boalemo dan Kabupaten Pohuwato. Dari Kabupaten Boalemo, KPPN Marisa berjarak kurang lebih 60 kilometer dengan waktu tempuh 60 menit. Jarak tempuh tersebut jauh lebih efisien daripada harus melakukan perjalanan ke Kota Gorontalo untuk melakukan pencairan dana APBN. Memang, salah satu pertimbangan pembentukan KPPN Marisa adalah untuk mendekatkan pelayanan kepada satker-satker yang berada di wilayah Kabupaten Boalemo dan Pohuwato.
Dengan adanya KPPN Marisa, Satker yang ada di wilayah Kabupaten Pohuwato dapat dilayani dengan lebih cepat dan lebih mudah, daripada harus menempuh jarak sekitar 170 kilometer ke Kota Gorontalo. Dengan demikian pelaksanaan APBN di wilayah Kabupaten Boalemo dan Pohuwato dapat lebih lancar dan lebih baik.
