Doa Pagi merupakan aktivitas rutin yang dilakukan seluruh Pegawai KPPN Nunukan sebelum mengawali kegiatan atau agenda menjalankan tugas kedinasan.  Selain mengamalkan Nilai Pancasila dari Sila Pertama yaitu : Ketuhanan Yang Maha Esa, kegiatan ini juga mandatory sesuai dengan Nota Dinas Sekretaris Direktur Jenderal Perbendaharaan nomor ND-2595/PB.1/2022, yaitu pada poin penguatan manajemen internal, bahwa salah satu standarisasi manajemen KPPN adalah melaksanakan doa pagi bersama. Doa merupakan inti dari semua ibadah. Doa seorang hamba menandakan bahwa manusia begitu lemah di hadapan Sang Pencipta alam semesta, Manusia senantiasa menggantungkan hidup dan kehidupannya kepada Sang Penguasa jagad raya.

Pelaksanaan doa pagi sebelum beraktivitas, dilakukan setiap hari kerja dan dipimpin oleh pegawai yang bertugas. Pelaksanaannya dilakukan di Ruang Rapat, Middle Office, Front Office/Ruang Pelayanan Utama, Lapangan Voli sebelum berolahraga, dan di Ruang Kepala Kantor.