Sejarah KPPN Painan dimulai pada tahun 2001 dimana pada tahun tersebut didirikanlah Kantor Pelayanan Kas Negara Painan atau yang biasa disebut KPKN Painan. Pada waktu itu KPKN Painan masih di bawah Direktorat Anggaran (lama) pada Departemen Keuangan. KPKN Painan didirikan pada sebidang tanah di Kota Painan, Kabupaten Pesisir Selatan dengan alamat lengkap di Jalan Ilyas Yacub No. 3 Painan.
KPKN Painan bertahan selama 3 tahun sampai tahun 2004. Reorganisasi yang terjadi pada Departemen Keuangan dengan memecah Diretkorat Anggaran menjadi 4 Direktorat Jenderal dengan tugas dan fungsi baru. Tak pelak perubahan ini berimbas juga pada KPKN Painan. Melalui Keputusan Menteri Keuangan RI Nomor 303/KMK.01/2004, KPKN Painan mengalami perubahan menjadi Kantor Pelayanan Perbendaharaan Negara (KPPN) Painan dengan tugas dan fungsi baru yagn berorientasi pada pelayanan kepada satuan kerja (satker).
KPPN Painan bukan satu-satunya KPPN yang berada pada wilayah kerja Kantor Wilayah Diektorat Jenderal Perbendaharaan Provinsi Sumatera Barat. Ada 6 KPPN yang ada di Provinsi Sumatera Barat dengan rincian 3 KPPN berstatus KPPN A1 dan 3 KPPN berstatus A2. KPPN Painan termasuk ke dalam KPPN berstatus A2.
Dalam kurun waktu 20 (dua puluh) tahun sejak tahun 2001, telah terjadi pergantian kepala kantor sebanyak 10 (sepuluh) kali:
Tahun 2001 s.d. 2001 Nono Surdjana
Tahun 2001 s.d. 2002 Ahmad Kosasih
Tahun 2002 s.d. 2004 Mochammad Suprijatno
Tahun 2004 s.d. 2007 Nengah Suparna
Tahun 2007 s.d. 2009 Riandy
Tahun 2009 s.d. 2011 Kukuh Setiawan
Tahun 2011 s.d 2014 Abdullah
Tahun 2014 s.d 2016 Raden Effi Maulani
Tahun 2016 s.d 2018 Mokhamad Nurul Hidayattulloh
Tahun 2018 s.d. 2021 Lita Qadarina Hardian
Tahun 2021 s.d. April 2022 Elwy Syahdely
Mei 2022 s.d. Oktober 2022 Yovi Candra (Plt.)
November 2022 s.d. sekarang Refenalria Azwar
Sampai dengan saat ini KPPN Painan terus berupaya meningkatkan pelayanan kepada stakeholder mitra KPPN Painan sehingga diharapkan mampu meningkatkan prestasi KPPN Painan baik di tingkat regional maupun di tingkat nasional.