Sebagai instansi vertikal Kementerian Keuangan yang berdasarkan Peraturan Menteri Keuangan Republik Indonesia Nomor 262/PMK.01/2016 tentang Organisasi dan Tata Kerja Instansi Vertikal Direktorat Jenderal Perbendaharaan, KPPN Pamekasan mempunyai tugas melaksanakan tugas kewenangan mempunyai perbendaharaan dan Bendahara Umum Negara (BUN) , penyaluran pembiayaan atas beban anggaran, serta penatausahaan penerimaan dan pengeluaran anggaran melalui dan dari kas negara berdasarkan peraturan perundang-undangan.

Sedangkan fungsi KPPN Pamekasan dapat dijabarkan sebagai berikut :

1. pengujian terhadap surat perintah pembayaran berdasarkan peraturan perundang-undangan;
2. penerbitan Surat Perintah Pencairan Dana (SP2D) dari kas negara atas nama Menteri Keuangan selaku Bendahara Umum Negara (BUN);
3. penyaluran pembiayaan atas beban Anggaran Pendapatan dan Belanja Negara (APBN);
4. penatausahaan penerimaan dan pengeluaran negara melalui dan dari Kas Negara;
5. penyusunan laporan pelaksanaan anggaran pendapatan dan belanja negara;
6. pelaksanaan verifkasi transaksi keuangan dan akuntansi serta pertanggungjawaban bendahara;
7. pembinaan dan pelaksanaan monitoring dan evaluasi Penerimaan Negara Bukan Pajak (PNBP);
8. pelaksanaan tugas kepatuhan internal;
9. pelaksanaan manajemen mutu layanan;
10. pelaksanaan manajemen hubungan pengguna layanan (customer relationship management);
11. pelaksanaan tugas dan penyusunan laporan Pembina Pengelola Perbendaharaan (treasury management representative);
12. pelaksanaan dukungan penyelenggaraan sertifikasi bendahara;
13. pengelolaan rencana penarikan dana;
14. pengelolaan rekening pemerintah;
15. pelaksanaan fasilitasi Kerjasama Ekonomi dan Keuangan Daerah;
16. pelaksanaan layanan bantuan (helpdesk) penenmaan negara;
17. pelaksanaan sistem akuntabilitas dan kinerja;
18. pelaksanaan monitoring dan evaluasi Kredit Program;
19. pelaksanaan Kehumasan dan layanan Keterbukaan Informasi Publik (KIP) ; dan
20. pelaksanaan administrasi Kantor Pelayanan Perbendaharaan Negara (KPPN).

Dalam pelaksanaan tugas, KPPN Pamekasan selalu mengacu kepada Standar Operasional Prosedur yang berlaku  yakni Keputusan Dirjen Perbendaharaan Nomor : KEP-287/PB/2015 tanggal 9 Oktober 2015 tentang kepada Standar Operasional Prosedur pada Kantor Pelayanan Perbendaharaan Negara.

Penyelesaian pekerjaan di KPPN Pamekasan menganut sistem one stop service. Pelayanan terhadap mitra kerja dan stakeholders dilaksanakan di front office baik itu untuk pengajuan dan penerimaan berkas hingga konsultasi. Selesai di fornt office, selanjutnya berkas di proses di Middle office. Middle office ini tidak berhubungan secara langsung dengan mitra kerja ataupun stakeholders dan bertugas untuk memproses lebih lanjut pekerjaan yang dilakukkan di fornt office. Kemudian terakhir di back office yang merupakan muara terakhir penyelesaian pekerjaan yang terkait dengan penyusunan accountabliity report. Secara stuktural, petugas font office yang terdiri dari beberapa tugas dan fungsi adalah pelaksana dari semua seksi dan subagian umum.