Sebagai instansi vertikal Kementerian Keuangan yang berdasarkan Peraturan Menteri Keuangan Republik Indonesia Nomor 262/PMK.01/2016 tentang Organisasi dan Tata Kerja Instansi Vertikal Direktorat Jenderal Perbendaharaan, KPPN Pamekasan mempunyai tugas melaksanakan tugas kewenangan mempunyai perbendaharaan dan Bendahara Umum Negara (BUN) , penyaluran pembiayaan atas beban anggaran, serta penatausahaan penerimaan dan pengeluaran anggaran melalui dan dari kas negara berdasarkan peraturan perundang-undangan.

Sedangkan fungsi KPPN Pamekasan dapat dijabarkan sebagai berikut :

1. pengujian terhadap surat perintah pembayaran berdasarkan peraturan perundang-undangan;
2. penerbitan Surat Perintah Pencairan Dana (SP2D) dari kas negara atas nama Menteri Keuangan selaku Bendahara Umum Negara (BUN);
3. penyaluran pembiayaan atas beban Anggaran Pendapatan dan Belanja Negara (APBN);
4. penatausahaan penerimaan dan pengeluaran negara melalui dan dari Kas Negara;
5. penyusunan laporan pelaksanaan anggaran pendapatan dan belanja negara;
6. pelaksanaan verifkasi transaksi keuangan dan akuntansi serta pertanggungjawaban bendahara;
7. pembinaan dan pelaksanaan monitoring dan evaluasi Penerimaan Negara Bukan Pajak (PNBP);
8. pelaksanaan tugas kepatuhan internal;
9. pelaksanaan manajemen mutu layanan;
10. pelaksanaan manajemen hubungan pengguna layanan (customer relationship management);
11. pelaksanaan tugas dan penyusunan laporan Pembina Pengelola Perbendaharaan (treasury management representative);
12. pelaksanaan dukungan penyelenggaraan sertifikasi bendahara;
13. pengelolaan rencana penarikan dana;
14. pengelolaan rekening pemerintah;
15. pelaksanaan fasilitasi Kerjasama Ekonomi dan Keuangan Daerah;
16. pelaksanaan layanan bantuan (helpdesk) penenmaan negara;
17. pelaksanaan sistem akuntabilitas dan kinerja;
18. pelaksanaan monitoring dan evaluasi Kredit Program;
19. pelaksanaan Kehumasan dan layanan Keterbukaan Informasi Publik (KIP) ; dan
20. pelaksanaan administrasi Kantor Pelayanan Perbendaharaan Negara (KPPN).

Dalam pelaksanaan tugas, KPPN Pamekasan selalu mengacu kepada Standar Operasional Prosedur yang berlaku  yakni Keputusan Dirjen Perbendaharaan Nomor : KEP-287/PB/2015 tanggal 9 Oktober 2015 tentang kepada Standar Operasional Prosedur pada Kantor Pelayanan Perbendaharaan Negara.

Penyelesaian pekerjaan di KPPN Pamekasan menganut sistem one stop service. Pelayanan terhadap mitra kerja dan stakeholders dilaksanakan di front office baik itu untuk pengajuan dan penerimaan berkas hingga konsultasi. Selesai di fornt office, selanjutnya berkas di proses di Middle office. Middle office ini tidak berhubungan secara langsung dengan mitra kerja ataupun stakeholders dan bertugas untuk memproses lebih lanjut pekerjaan yang dilakukkan di fornt office. Kemudian terakhir di back office yang merupakan muara terakhir penyelesaian pekerjaan yang terkait dengan penyusunan accountabliity report. Secara stuktural, petugas font office yang terdiri dari beberapa tugas dan fungsi adalah pelaksana dari semua seksi dan subagian umum.

Kantor Pelayanan Perbendaharaan Negara (KPPN) merupakan ujung tombak pelayanan publik yang dimiliki oleh Direktorat Jenderal Perbendaharaan yang memberikan pelayanan berupa pencairan dana APBN, penatausahaan setoran penerimaan negara dan penyusunan laporan keuangan Kantor/satuan kerja instansi pemerintah serta memberikan bimbingan teknis terkait pelaksanaan dan pertanggungjawaban APBN.

Di dalam perkembangannya, Kantor Pelayanan Perbendaharaan Negara (KPPN) telah banyak mengalami perubahan nama. Pada masa penjajahan Belanda bernama CKC (Central Kantor Comtabilited) dan Slank Kas. Setelah Proklamasi Kemerdekaan RI, antara tahun 1945-1947 Kas Negara dipegang langsung oleh bangsa Indonesia sendiri dan saat itu nama CKC dan Slank Kas diindonesiakan, yaitu CKC menjadi KPPN (Kantor Pusat Perbendaharaan Negara), sedangkan Slank Kas menjadi KKN (Kantor Kas Negara) yang pada akhirnya ditetapkan saat itu juga bahwa KPPN dan KKN tersebar di seluruh wilayah Indonesia.

 Pada tahun 1951, pemerintah Indonesia menetapkan bahwa di tiap-tiap Karisedenan terdapat kas negara, kemudian pada tahun 1968 nama KPPN dan KKN digabung menjadi KBN (Kantor Bendahara Negara).

Seiring dengan berjalannya waktu, pada tahun 1974 KBN dipisah menjadi KPN (Kantor Pelayanan Negara) dan KKN (Kantor Kas Negara). Kemudian sejak tanggal 1 April 1990, KPN dan KKN digabung menjadi KPKN. Perubahan nama ini dimaksudkan sebagai upaya peningkatan pelayanan kepada masyarakat yang semua dilakukan oleh 2 (dua) kantor cukup dilaksanakan oleh 1 (satu) kantor saja yang kita kenal dengan istilah SAMSAT (Sistem Administrasi Manunggal Satu Atap). Hal ini diiringi pula dengan perubahan mekanisme pembayaran dalam pelaksanaan APBN diantaranya giralisasi dan perubahan sistem UUDP menjadi UYHD yang semakin mempermudah masyarakat dalam rangka pengelolaan dana APBN.

Begitu pula halnya perubahan KPKN yang cukup mendasar, diantaranya peran selaku Ordonatur yang memiliki kewenangan di bidang ordonansering yaitu melakukan pengujian atas permintaan pembayaran oleh instansi/satuan keja atau pihak-pihak yang memiliki hak tagihan pada negara beralih kepada pengguna anggaran/kuasa pengguna anggaran, dalam hal ini adalah pimpinan satuan kerja/instansi. Sementara KPPN melaksanakan fungsi sebagai Bendahara Umum Negara (Comtabel). Perubahan ini diharapkan dapat memberikan pelayanan yang lebih baik kepada masyarakat secara cepat, tepat dan sistematis.

Kantor Pelayanan Perbendaharaan Negara (KPPN) Pamekasan merupakan instansi vertikal Ditjen Perbendaharaan yang berada dibawah dan bertanggung jawab langsung kepada Kepala Kantor Wilayah Ditjen Perbendaharaan Provinsi Jawa Timur, sesuai dengan PMK No. 101/PMK.01/2008 adalah KPPN Type A1 yang dalam pelaksanaan tugas pokok dan fungsinya menerapkan Standard Operating Procedure (SOP) KPPN Percontohan. Pencanangan pemberian pelayanan prima di KPPN Pamekasan sudah dilaksanakan sejak Juli 2007 dan sampai saat ini KPPN Pamekasan masih terus berbenah untuk benar-benar dapat mewujudkan pelayanan prima bagi stakeholder. KPPN Pamekasan mempunyai tugas melaksanakan kewenangan perbendaharaan dan bendahara umum, penyaluran pembiayaan atas beban anggaran, serta penatausahaan penerimaan dan pengeluaran anggaran melalui dan dari kas negara berdasarkan peraturan perundang-undangan yang berlaku.

Dalam struktur organisasinya, KPPN Pamekasan terdiri dari 4 (empat) seksi teknis dan 1 (satu) sub bagian yaitu Seksi Pencairan Dana, Seksi Bank, Seksi Verifikasi , Akuntansi serta 1 (satu) Sub Bagian Umum dan Seksi Manajemen Satker dan Kepatuhan Internal ( MSKI ). Masing-masing seksi dan sub bagian terdiri dari para staf yang ditempatkan pada berbagai posisi sesuai dengan uraian jabatan dan pekerjaan yang tertuang dalam Standard Operating Procedure (SOP) Kantor Pelayanan Perbendaharaan Negara Percontohan.

Sejak berdirinya KPPN Pamekasan telah mengalami beberapa pergantian kepala kantor, kurang lebih sebanyak 16 pimpinan yang pernah menjabat sebagai kepala KPPN Pamekasan dan yang paling membanggakan diantara sekian banyak pimpinan yang pernah menjabat di KPPN Pamekasan salah satunya dipercaya sebagai Komandan tertinggi di Ditjen Perbendaharaan yaitu Bapak Herry Purnomo, yang merupakan salah seorang pencetus ide Reformasi Birokrasi di Departemen Keuangan khususnya Direktorat Jenderal Perbendaharaan.