Dalam rangka meningkatkan kualitas pelayanan kepada stakeholder, KPPN Tarakan memiliki 19 inovasi unggulan yang dikembangan secara mandiri oleh pegawai KPPN Tarakan, inovasi tersebut terdiri dari inovasi internal yang hanya digunakan oleg pegawai dan inovasi eksternal yang digunakan langsung oleh stakeholder, inovasi tersebut dirinci sebagai berikut:
