KPPN Watampone dipimpin oleh seorang Kepala Kantor, dengan didukung oleh kualitas sumber daya manusia yang cukup memadai yang terdiri dari 4 orang pejabat eselon IV, dan 12 orang pelaksana. Dari 12 orang pelaksana, sebanyak 2 orang merupakan lulusan dari program D1 dan D3 STAN, serta 5 orang lulusan S1,serta 5 orang lulusan SMA