Pengendalian intern merupakan proses integral pada tindakan dan kegiatan yang dilaksanakan secara terus menerus oleh pimpinan dan seluruh pegawai untuk memberikan keyakinan memadai atas tercapainya tujuan organisasi melalui kegiatan yang efektif dan efisien, kehandalan pelaporan keuangan, pengamanan aset negara, dan ketaatan terhadap peraturan perundang-undangan. Setiap pimpinan dan pegawai di lingkungan KPPN Wates perlu meningkatkan penerapan pengendalian intern secara sistematis, terstruktur, dan terdokumentasi dengan baik untuk mendapatkan hasil yang maksimal.