Terbentuknya Kantor Wilayah Direktorat Jenderal Perbendaharaan Provinsi Jawa Timur tidak terlepas dari bergulirnya reformasi hukum dan reformasi organisasi di Departemen Keuangan yang melahirkan paket Undang-Undang di Bidang Keuangan Negara dan penyempurnaan organisasi (reorganisasi). Reorganisasi tersebut ditandai dengan terbentuknya 3 (tiga) organisasi dengan nomenklatur baru, yaitu Direktorat Jenderal Anggaran dan Perimbangan Keuangan (Ditjen APK), Direktorat Jenderal Perbendaharaan (Ditjen Perbendaharaan), dan Badan Pengkajian Ekonomi, Keuangan, dan Kerjasama Internasional (BAPEKKI).
Kantor Wilayah Direktorat Jenderal Perbendaharaan Provinsi Jawa Timur adalah unit eselon II vertikal di bawah Direktorat Jenderal Perbendaharaan dalam struktur organisasi pada Kementerian Keuangan. Nomenklatur Kantor Wilayah Direktorat Jenderal Perbendaharaan resmi digunakan pada tahun anggaran 2004 sesuai dengan Keputusan Menteri Keuangan Nomor: 302/KMK.01/2004 Tentang Susunan Organisasi Departemen Keuangan. Hal ini tidak terlepas dari pelaksanaan reformasi organisasi dan menajamen keuangan negara dan sebagai upaya menyelaraskan perangkat organisasi melalui penegasan fungsi Kementerian Keuangan atas amanat dari UU Nomor 17 Tahun 2003 tentang Keuangan Negara dan UU Nomor 1 Tahun 2004 tentang Perbendaharaan.
Berdasarkan Peraturan Menteri Keuangan Nomor 169/PMK.01/2012 tentang Organisasi dan Tata Kerja Instansi Vertikal Ditjen Perbendaharaan, Kantor Wilayah Direktorat Jenderal Perbendaharaan Provinsi Jawa Timur membawahi 15 KPPN, yaitu: KPPN Surabaya I, KPPN Semarang II, KPPN Mojokerto, KPPN Madiun, KPPN Sidoarjo, KPPN Malang, KPPN Pamekasan, KPPN Banyuwangi, KPPN Jember, KPPN Bondowoso, KPPN Kediri, KPPN Blitar, KPPN Bojonegoro, KPPN Tuban, dan KPPN Pacitan.
Kanwil Ditjen Perbendaharaan Provinsi Jawa Timur menempati Gedung Keuangan Negara I yang berlokasi di Jalan Indrapura Nomor 5 Surabaya, Jawa Timur.
