Sesuai dengan PMK Nomor 262/PMK.01/2016 tentang Organisasi dan Tata Kerja Direktorat Jenderal Perbendaharaan mempunyai instansi vertikal berupa:

Kantor Wilayah
Kantor Wilayah mempunyai tugas melaksanakan koordinasi, pembinaan, supervisi, asistensi, bimbingan teknis, dukungan teknis, monitoring, evaluasi, analisis, kajian, penyusunan laporan, dan pertanggungjawaban di bidang perbendaharaan berdasarkan peraturan perundang-undangan.

Dalam melaksanakan tugas sebagaimana tersebut di atas, Kantor Wilayah menyelenggarakan fungsi:
a. penelaahan dan pengesahan atas revisi dokumen pelaksanaan anggaran;
b. pelaksanaan bimbingan teknis clan supervisi atas pelaksanaan anggaran;
c. penyesuaian reviu belanja pemerintah (spending review) dan reviu pelaksanaan anggaran;
d. pembinaan teknis sistem akuntansi;
e. pelaksanaan monitoring dan evaluasi dana transfer;
f. pelaksanaan akuntansi dan penyusunan laporan keuangan pemerintah;
g. pembinaan dan bimbingan teknis pengelolaan keuangan Badan Layanan Umum (BLU);
h. pelaksanaan monitoring dan evaluasi Penerimaan Negara Bukan Pajak (PNBP);
i. pembinaan dan monitoring atas investasi pemerintah, pinjaman, dan kredit program di daerah;
J. pelaksanaan dukungan penyelenggaraan sertifikasi bendahara;
k. pelaksanaan layanan bersama Kementerian Keuangan di daerah;
l. pemberian pembinaan terkait dengan kewenangan dan pelaksanaan teknis perbendaharaan dan Bendahara Umum Negara (BUN);
m. pelaksanaan manajemen mutu layanan dan koordinasi inovasi layanan;
n. pelaksanaan manajemen hubungan pengguna layanan (customer relationship management);
o. pelaksanaan kehumasan dan layanan Keterbukaan Informasi Publik (KIP);
p. pelaksanaan konsolidasi data Perhitungan Fihak Ketiga (PFK);
q. pelaksanaan sistem akuntabilitas dan kinerja;
r. pelaksanaan kepatuhan internal; dan
s. pelaksanaan administrasi Kantor Wilayah.