Provinsi Maluku merupakan wilayah kepulauan yang terdiri dari pulau besar dan pulau kecil yang tersebar dari wilayah paling Timur mendekati Provinsi Papua Barat  dan di sebelah selatan yang mendekati Provinsi Nusa Tenggara Timur.  Kanwil Ditjen Perbendaharaan Provinsi Maluku terletak di Pulau Ambon dengan alamat di Jalan Pitu Ina No. 7 Ambon. Cakupan wilayah Kantor Wilayah Ditjen Perbendaharaan Provinsi Maluku begitu luas dan terpencar-pencar yang tersebar pada 17 Kabupaten/Kota dan 4 lokasi pembayaran KPPN.
Secara geografis, Kantor Wilayah Ditjen Perbendaharaan Provinsi Maluku merupakan sedikit dari Kantor Wilayah yang memiliki KPPN tersebar di berbagai pulau yang terpisah dengan laut, disamping Kanwil Ditjen Perbendaharaan Provinsi Bangka Belitung, Kepulauan Riau, Maluku Utara, Nusa Tenggara Barat, dan Nusa Tenggara Timur. Hal ini merupakan tantangan tersendiri bagi Kanwil Maluku dalam memonitor dan mengelola sumber daya manusianya.