Sumber Daya Manuasi adalah salah satu faktor yang sangat menentukan keberhasilan pelayanan KPPN Kotamobagu didukung oleh sumber daya yang mempunyai kompetensi dan berdedikasi tinggi. Tidak hanya faktor hard skill, tetapi dibutuhkan juga soft skill beruba moralitas, integritas dan spiritualitas pegawai sebagai motor penggerak pelayanan prima di KPPN Percontohan dalam lingkup Kanwil Ditjem Perbendaharaan Provinsi Sulawesi Utara. SDM yang dimiliki KPPN Kotamobagu merupakan pegawai yang telah lulus assesment yang dilaksanakan oleh Kantor Pusat Direktorat Jenderal Perbendaharaan sejumlah 18 pegawai.