Salah satu jenis layanan KPPN Kupang adalah memberikan pelayanan konsultasi kepada stakeholder. Pada awal tahun anggaran 2024, konsultasi yang dilakukan dengan mitra KPPN Kupang antara lain mengenai pendaftaran/pengaktifan user aplikasi, permohonan Uang Persediaan, rekonsiliasi data keuangan dan perbaikan/kelengkapan dokumen tagihan.
Sebagaimana ketentuan tentang Standar Pelayanan di Lingkungan Ditjen Perbendaharaan, layanan konsultasi stakeholder merupakan salah satu dari 14 jenis pelayanan KPPN. Seluruh pelayanan KPPN tidak dikenakan biaya.
.