Berdasarkan Peraturan Menteri Keuangan Nomor 169/PMK.01/2012 tentang Organisasi dan Tata Kerja Instansi Vertikal Direktorat Jenderal Perbenaharaan, KPPN Kupang sebagai KPPN tipe A1 memiliki tugas melaksanakan kewenangan perbendaharaan dan bendahara umum, penyaluran pembiayaan atas beban anggaran serta penerimaan dan pengeluaran.
Secara rinci, KPPN Kupang mepunyai tugas pokok sebagai berikut:
1. Melakukan sebagian Kewenangan Perbendaharaan dan Kuasa Bendahara Umum Negara
2. Menyalurkan pembiayaan atas beban APBN
3. Melakukan penatausahaan penerimaan dan pengeluaran anggaran melalui dan dari kas
Untuk melaksanakan tugas tersebut, KPPN Kupang menyelenggarakan fungsi sebagai berikut:
1. Pengujian terhadap dokumen Surat Perintah Membayar berdasarkan peraturan yang berlaku
2. Penerbitan Surat Perintah Pencairan Dana dari Kas Negara atas nama Menteri Keuangan (BUN)
3. Penyaluran pembiayaan atas beban APBN
4. Penilaian dan pengesahan terhadap penggunaan uang yang telah disalurkan
5. Penatausahaan penerimaan dan pengeluaran negara melalui dan dari Kas Negara
6. Pengiriman dan penerimaan kiriman uang
7. Penyusunan laporan pelaksanaan anggaran pendapatan dan belanja negara
8. Penyusunan laporan realisasi pembiayaan yang berasal dari pinjaman dan hibah luar negeri
9. Penatausahaan PNBP
10. Penyelenggaraan verifikasi transaksi keuangan dan akuntansi
11. Pembuatan tanggapan dan penyelesaian temuan hasil pemeriksaan
12. Pelaksanaan kehumasan
Berdasarkan fungsi di atas, secara garis besar pelayanan yang diberkan kepada mitra kerja adalah sebagai berikut:
1. Pencairan Dana
2. Penatausahaan Penerimaan Negara Bukan Pajak
3. Akuntansi dan Pelaporan Keuangan
4. Bimbingan Teknis Kepada Mitra Kerja Dalam Pelaksanaan APBN
