KPPN Marisa mempunyai tugas melaksanakan kewenangan perbendaharaan dan bendahara umum negara, penyaluran pembiayaan atas beban anggaran, serta penatausahaan penerimaan dan pengeluaran anggaran melalui dan dari kas negara berdasarkan peraturan perundang-undangan.
Dalam melaksanakan tugas sebagaimana dimaksud di atas, KPPN Marisa menyelenggarakan fungsi:
a. pengujian terhadap surat perintah pembayaran berdasarkan peraturan perundang-undangan;
b. penerbitan Surat Perintah Pencairan Dana (SP2D) dari kas negara atas nama Menteri Keuangan selaku Bendahara Umum Negara (BUN);
c. penyaluran pembiayaan atas beban Anggaran Pendapatan dan Belanja Negara (APBN);
d. penatausahaan penerimaan dan pengeluaran negara melalui dan dari Kas Negara;
e. penyusunan laporan pelaksanaan anggaran pendapatan dan belanja negara;
f. pelaksanaan verifikasi transaksi keuangan dan akuntansi serta pertanggungjawaban bendahara;
g. pembinaan dan pelaksanaan monitoring dan evaluasi Penerimaan Negara Bukan Pajak (PNBP);
h. pelaksanaan tugas kepatuhan internal;
i. pelaksanaan manajemen mutu layanan;
J. pelaksanaan manajemen hubungan pengguna layanan (customer relationship management);
k. pelaksanaan tugas dan penyusunan laporan Pembina Pengelola Perbendaharaan (treasury management representative);
l. pelaksanaan dukungan penyelenggaraan sertifikasi bendahara;
m. pengelolaan rencana penarikan dana;
n. pengelolaan rekening pemerintah;
o. pelaksanaan fasilitasi Kerjasama Ekonomi dan Keuangan Daerah;
p. pelaksanaan layanan bantuan (helpdesk) penenmaan negara;
q. pelaksanaan sistem akuntabilitas dan kinerja;
r. pelaksanaan monitoring dan evaluasi kredit program;
s. pelaksanaan Kehumasan dan layanan Keterbukaan Informasi Publik (KIP); dan
t. pelaksanaan administrasi Kantor Pelayanan Perbendaharaan Negara (KPPN).