Di dalam perkembangannya, Kantor Pelayanan Perbendaharaan Negara (KPPN) Mataram telah banyak mengalami perubahan, baik nama maupun struktur organisasi. Perubahan yang mendasar yaitu berubahnya fungsi KPPN yang sebelumnya merangkap sebagai Ordonatur dan Comptabel menjadi hanya sebagai fungsi Comptabel (Bendahara Umum Negara) sedangkan fungsi Ordonatur diserahkan sepenuhnya kepada Satuan Kerja.
Pembentukan Kantor Pelayanan Perbendaharaan Negara (KPPN) Mataram yang sebagai KPPN Percontohan Tahap I dalam rangka pelaksanaan pelayanan prima dan sebagai salah satu amanah reformasi birokrasi Kementerian Keuangan ditetapkan dengan Keputusan Direktur Jenderal Perbendaharaan Nomor KEP-172/PB/2007 dan telah dilaksanakan soft launching pada tanggal 30 Juli 2007. Untuk menjalankan tugas melayani pencairan anggaran belanja melalui dana Anggaran Pendapatan dan Belanja Negara, KPPN Mataram melaksanakan Sistem Pelayanan Prima Satu Atap yang disebut dengan One Stop Service.
Pelaksanaan Sistem Pelayanan Prima Satu Atap ini difokuskan pada perampingan prosedur yang ada guna meningkatkan efisiensi birokrasi pemerintah dan untuk menetapkan proses pelayanan umum yang ideal pada situasi saat ini. Proses tersebut bertujuan juga menutup peluang terhadap tindakan korupsi, kolusi dan nepotisme. Perubahan terakhir pada struktur organisasi diatur dengan PMK No. 169/PMK.01/2012 dengan penambahan satu posisi jabatan eselon IV, yaitu Seksi Manajemen Satker dan Kepatuhan Internal.
Selanjutnya, dalam menjalankan fungsi layanan, mulai tahun 2015 KPPN Mataram menggunakan SPAN (Sistem Perbendaharaan Anggaran Negara) tepatnya mulai tanggal 3 Februari 2015 yang mengintegrasikan seluruh proses pengelolaaan Anggaran. Melalui SPAN ini, maka seluruh proses yang terkait dengan pengelolaan APBN telah terintegrasi mulai modul penganggaran, modul komitmen, modul pembayaran, modul penerimaan, modul kas dan modul akuntansi dan pelaporan.
Dalam rangka meningkatkan kualitas layanan unit-unit pelayanan di lingkungan Ditjen Perbendaharaan dan sebagai bagian dari Reformasi Birokrasi dalam pelayanan publik yang memenuhi standar pelayanan KPPN Mataram mendapat kehormatan untuk menerapkan Sistem Manajemen Mutu ISO 9001: 2008, melalui surat Direktur Jenderal Perbendaharaan nomor : S-9796/PB/2015 tanggal 19 November 2015 KPPN Mataram resmi memperoleh Sertifikat ISO 9001:2008 dengan register nomor FS 643083. Hal ini terwujud berkat kerja keras dan dukungan seluruh pegawai KPPN Mataram, dengan adanya sertifikat ini diharapkan KPPN Mataram terus melakukan peningkatan kualitas pelayanan kepada masyarakat/publik melalui perubahan pola pikir, disiplin dan budaya kerja dengan peningkatan sarana dan prasarana, peningkatan pelayanan dan fasilitas pendukung lainnya.
