Kantor Pelayanan Perbendaharaan Negara Buntok merupakan integrasi/ penggabungan dari dua kantor yaitu Kantor Perbendaharaan Negara (KPN) dan Kantor Kas Negara (KKN) yang berdiri pada tahun 1981.
Seiring dengan adanya reorganisasi ditubuh Direktorat Jenderal Anggaran berdasarkan Keputusan Menteri Keuangan RI Nomor 645/KMK.01/1989 tanggal 12 Juni 1989, maka sejak April 1990 KPN dan KKN Buntok bergabung dan berubah nama menjadi Kantor Perbendaharaan dan Kas Negara (KPKN) Buntok yang selanjutnya berubah lagi nomenklaturnya menjadi Kantor Pelayanan Perbendaharaan Negara (KPPN) Buntok.

Berdasarkan Peraturan Menteri Keuangan RI Nomor 101/PMK.01/2008 tanggal 11 Juli 2008 tentang Organisasi dan Tata Kerja Instansi Vertikal Direktorat Jenderal Perbendaharaan, Kantor Pelayanan Perbendaharaan Negara Buntok ditetapkan sebagai KPPN dengan type A1.