Berdasarkan Peraturan Menteri Keuangan No. 169/PMK.01/2012 tentang Organisasi dan Tata kerja Instansi Vertikal Direktorat Jenderal Perbendaharaan, KPPN Buntok sebagai tipe A1, dipimpin oleh seorang kepala kantor eselon IIIa.
Di bawah kepala kantor, terdapat lima pejabat eselon IVa, yaitu
- Subbagian Umum;
- Seksi Pencairan Dana;
- Seksi Manajemen Satker dan Kepatuhan Internal;
- Seksi Bank;
- Seksi Verifikasi dan Akuntansi;
serta dibantu oleh Kelompok Jabatan Fungsional.
