KPPN Manna didirikan sekitar tahun 1985, dengan pertimbangan untuk memudahkan mitra kerja di daerah Bengkulu Selatan dan sekitarnya, yang selama itu terkendala jarak dan waktu yang harus ditempuh.
Pada awal berdirinya KPPN Manna termasuk dalam unit vertikal di bawah Kanwil Palembang (Sumbagsel), kemudian pada tahun 1991 menjadi unit vertikal Kanwil Bandar Lampung.
Pada perkembangannya di tahun 1999 KPPN Manna menjadi salah satu kantor vertikal wilayah Kanwil VIII DJPB Bengkulu yang terletak pada sebelah selatan Provinsi Bengkulu, tepatnya di Kabupaten Bengkulu Selatan.
Pemekaran Kabupaten Bengkulu Selatan menjadi tiga kabupaten yaitu : Kabupaten Bengkulu Selatan dengan ibukota Manna, Kabupaten Kaur dengan ibukota Bintuhan, dan Kabupaten Seluma dengan ibukota Tais, menjadikan wilayah kerja KPPN Manna tersebar di tiga ibukota tersebut. Tais berjarak 125 km dari Manna dan Bintuhan berjarak 70 km. Untuk satker yang terpelosok di kecamatan, jarak tempuh ke KPPN Manna dapat lebih dari 160 km.