KPPN Manna adalah KPPN Tipe A2 dengan Struktur Organisasi sesuai Peraturan Menteri Keuangan Nomor 169/PMK.01/2012 tentang Organisasi dan Tata Kerja Instansi Vertikal Direktorat Jenderal Perbendaharaan. Tugas-tugas masing-masing subbagian/seksi Kantor Pelayanan Perbendaharaan Negara Tipe A2 adalah sebagai berikut :
Subbagian Umum mempunyai tugas melakukan pengelolaan organisasi, kinerja, SDM, dan keuangan, penatausahaan user SPAN, penyusunan bahan masukan dan konsep Renstra, Renja, RKT, PK, LAKIP KPPN, penerbitan dan pengiriman SPM DBH PBB serta tata usaha, rumah tangga dan kehumasan.
Seksi Pencairan Dana dan Manajemen Satker mempunyai tugas melakukan pengujian resume tagihan dan SPM, penerbitan SP2D, penerbitan Surat Pengesahan Pendapatan dan Belanja BLU, penerbitan Surat Pengesahan atas Ralat SPM dari satuan kerja dan Nota Dinas Kesalahan dan Perbaikan SP2D Hasil Verifikasi pada KPPN, dan pengelolaan data kontrak, data supplier, belanja pegawai satker, dan monitoring dan evaluasi penyerapan anggaran satker, serta melakukan pembinaan dan bimbingan teknis pengelolaan perbendaharaan, fungsi customer service, supervisi teknis SPAN dan helpdesk SAKTI, pemantauan standar kualitas layanan KPPN, dan penyediaan layanan perbendaharaan.
Seksi Bank mempunyai tugas melakukan penyelesaian transaksi pencairan dana, fungsi cash management, penerbitan Daftar Tagihan, pengelolaan rekening Kuasa BUN dan Bendahara serta penatausahaan penerimaan negara.
Seksi Verifikasi, Akuntansi, dan Kepatuhan Internal mempunyai tugas melakukan verifikasi pembayaran, rekonsiliasi laporan akuntansi, penyusunan Laporan Keuangan tingkat Kuasa BUN, realisasi dan analisis kinerja anggaran, analisis data statistik laporan keuangan, pemantauan pengendalian intern, pengelolaan risiko, kepatuhan terhadap kode etik dan disiplin pegawai, dan tindak lanjut hasil pengawasan.
