Tahun 2021 telah berakhir, selama tahun 2021 KPPN Merauke telah melakukan berbagai cara untuk dapat meningkatkan pelayanan agar para stake holder KPPN Merauke merasa puas dengan pelayanan KPPN Merauke, hal itu dibuktikan dengan pengelolaan Kinerja pada tahun 2021 di lingkungan KPPN Merauke yang sudah mencapai target. Kinerja KPPN Merauke dihitung berdasarkan empat (4) perspective yaitu stakeholder perspektif, customer perspective, internal proses perspektif, dan leraning & growth perspektif. Perspektif-perspektif tersebut dituangkan dalam 10 Sasaran strategis (SS) dan 20 Indikator Kinerja Utama (IKU), yang capaian dan target kinerjanya dapat dilihat pada tabel dibawah ini.
| No | Sasaran Strategis | Indikator Kinerja Utama | Target | Realisasi |
| 1 | Pengelolaan perbendaharaan yang akuntabel | 1a-N Nilai kualitas LK Kuasa BUN KPPN | 94 | 99.28 |
| 2 | Birokrasi dan layanan publik yang agile, efektif, dan efisien | 2a-N Indeks kepuasan satker terhadap layanan KPPN | 4,64 (skala 5) | 4,65 |
| 3 | Perumusan regulasi dan otorisasi yang kredibel | 3a-N Persentase penyelesaian SP2D secara tepat waktu | 99,4 | 99,72 |
| 4 | Komunikasi, edukasi, dan standardisasi yang berkesinambungan | 4a-N Indeks efektivitas edukasi dan komunikasi | 87,5 | 92,025 |
| 4b-N Persentase tingkat implementasi standardisasi kompetensi pejabat perbendaharaan | 30% | 33% | ||
| 4c-CP Persentase tingkat implementasi Aplikasi SAKTI | 100% | 100% | ||
| 5 | Pengelolaan kas yang optimal | 5a-CP Persentase akurasi perencanaan kas | 82% | 99,9% |
| 5b-N Indeks efektivitas pengelolaan pengeluaran kas | 3,15 (skala 4) | 3,97 | ||
| 6 | Pelaksanaan anggaran yang efektif dan efisien | 6a-CP Nilai kinerja pelaksanaan anggaran K/L | 89 | 91,31 |
| 6b-CP Nilai kinerja penyaluran Dana Transfer ke Daerah dan Dana Desa | 80 | 98,86 | ||
| 6c-N Tingkat partisipasi pelaporan data capaian output satker | 89 | 98,60 | ||
| 7 | Akuntansi dan pelaporan keuangan negara yang akuntabel, transparan, dan tepat waktu | 7a-CP Persentase rekonsiliasi tingkat UAKPA secara tepat waktu dan andal | 98,1% | 100% |
| 7b-N Persentase LPJ Bendahara yang andal dan tepat waktu | 98% | 99,73% | ||
| 8 | Organisasi dan SDM yang optimal dan berkinerja tinggi | 8a-N Nilai kualitas pengelolaan kinerja berbasis Strategy Focused Organization | 84 | 84,11 |
| 8b-N Nilai hasil evaluasi pelaksanaan tugas kepatuhan internal | 83 | 83,19 | ||
| 8c-N Nilai rata–rata hard competency pegawai | 78 | 86,2 | ||
| 9 | Pengelolaan keuangan dan BMN yang efisien, efektif dan akuntabel | 9a-CP Persentase kualitas pelaksanaan anggaran KPPN | 95,5% | 98,43% |
| 9b-N Nilai kualitas LK tingkat UAKPA dan UAKPB | 82 | 85 | ||
| 9c-N Tingkat kualitas pengelolaan BMN | 100% | 105,83% | ||
| 10 | Sistem informasi dan teknologi yang andal | 10a-N Persentase penyelesaian implementasi Rencana Sistem Manajemen Keamanan Informasi | 80% | 100 |
Selain itu pada tahun 2021 KPPN Merauke juga mendapat beberapa penghargaan di tingkat Kanwil DJPb Provinsi Papua, seperti :
1. Peringkat Ketiga Penilaian Pelaksanaan Pengelolaan Kinerja Di Lingkungan Kanwil DJPb Provinsi Papua Periode Semester I Tahun 2021
2. Peringkat Pertama Dalam Penilaian Pembinaan dan Supervisi KPPN Lingkup Kantor Wilayah DJPb Provinsi Papua Semester I Tahun 2021
3. Best Contribution in Treasurer Certification : Sertifikasi Bendahara 2021
Penjelasan Lebih detail dapat dilihat pada Laporan Kinerja KPPN Merauke tahun 2021, yang dapat diunduh pada Laporan Kinerja KPPN Merauke Tahun 2021
