Kantor Pelayanan Perbendaharaan Negara (KPPN) Merauke merupakan instansi vertikal dari Direktorat Jenderal Perbendahraan, Kementerian Keuangan RI.  KPPN Merauke dibawah koordinasi Kantor Wilayah Direktorat Jenderal Perbendaharaan Provinsi  Papua bersama KPPN Jayapura, KPPN Biak, KPPN Serui, KPPN Nabire, KPPN Timika, dan KPPN Wamena.

Sejak tahun 2018, KPPN Merauke adalah KPPN Tipe A1 yang terdiri dari 4 seksi dan 1 subbag umum. Seksi pada KPPN Merauke yaitu : Seksi Pencairan Dana, Seksi Bank, Seksi Manajemen Satker dan Kepatuhan Internal, dan Seksi Verifikasi dan Akuntansi.