Kantor Pelayanan Perbendaharaan Negara (KPPN) Merauke merupakan instansi vertikal Direktorat Jenderal Perbendaharaan, Kementerian Keuangan RI. KPPN Merauke berada di bawah Kantor Wilayah Direktorat Jenderal Perbendaharaan Provinsi Papua bersama KPPN Jayapura, KPPN Biak, KPPN Serui, KPPN Nabire, KPPN Timika, dan KPPN Wamena.
Sejak tahun 2018, KPPN Merauke memiliki klasifikasi sebagai KPPN Tipe A1 yang terdiri dari 4 Seksi dan 1 Subbagian Umum. Seksi pada KPPN Merauke terdiri atas: Seksi Pencairan Dana, Seksi Bank, Seksi Manajemen Satker dan Kepatuhan Internal, dan Seksi Verifikasi dan Akuntansi. Per tanggal 1 Januari 2026, terdapat 3 pejabat fungsional pada KPPN Merauke yaitu 1 orang PTPN Mahir, 1 orang PTPN Terampil, dan 1 orang PK APBN Terampil.
